Team:KULeuven/Brainstorm

Brainstorm
Dit is de brainstorm pagina van de wiki. Iedereen kan zijn/haar ideëen hier posten na het samenkomen per groepje. Je kan hier ook de data en uur van samenkomen zetten als je dat wil.

Voor meer ideëen check:
 * Craig Venter: On the verge of creating synthetic life (TED)
 * Bonnie Bassler: The secret, social lives of bacteria (TED)

Foto's
De foto's van de verschillende bordschema's staan op landbouwkring.be/bernard/iGEM.

Extra idee
Bacterie als zoekrobot:

Basisidee: een bacterie beweegt in een bepaalde richting en verzamelt bepaalde stoffen of deeltjes; als de bacterie genoeg van de betreffende stoffen verzameld heeft, keert deze terug en geeft de verzamelde stoffen af. Daarna kan de bacterie aan een volgende verzameltocht beginnen

In de figuur hieronder schets ik een mogelijke situatie:


 * 1: bacterie beweegt onder een zekere gradiënt naar de plaat met verschillend soorten deeltjes
 * 2-3: eenmaal in contact met een specifiek deeltje (selectie op: grote, chemische eigenschappen, ...) verandert de reactie op de gradiënt. De bacterie beweegt naar boven en sleept het deeltje mee.
 * 4: in contact met het medium van de topplaat wordt het deeltje afgestoten en zal de bacterie terug naar onder bewegen.



Mogelijke toepassing:
 * recuperatie van kostbare stoffen uit industrieel afval
 * zuivering: bijvoorbeeld in de bodem metalen verzamelen en naar de toplaag brengen

-Dries, 28 June 2009

The iGEM 2009 KULeuven official shortlist
is zeer kort...

Bacterial Stratego, De Coliisten van Catan, Monocoli, BacMan
alternatieve namen: Battle Bacs, Micro Wars, BACTERIAL GLADIATORS


 * wat is het doel van het spel?
 * wat zijn mogelijke strategieën?
 * de ander induceren magnetiet te produceren -> magneet...
 * toxine - antitox/protein antibiotic
 * groei
 * faag inductie (als offensief wapen)
 * cre-loxP inductie (het kreupel maken van de vijand door inductie in de andere klone van cre-LoxP en excisie van een aantal van zijn strategieen ofzo)
 * switch naar andere koolstofbron (e.g. lactose)
 * etc
 * enkele ideeën/bemerkingen -Ingethijs 21:34, 20 May 2009 (UTC)
 * 2 spelers, 2 bacterieklonen (rood en groen), 1 erlenmeyer, meerdere personages (i.e. strategieën) om uit te kiezen, soort van Machiavelli (?) waarbij je in elke spelronde een personage kiest (bv. speler 1 speelt op dag 1, speler 2 op dag 2, speler 1 terug op dag 3 enz.), en elke dag wordt via FACS nagegaan wat de verhouding van rood tot groen is en wie er dus aan het winnen is
 * Sir Tox maakt een toxine aan, Lady Detox een anti-toxine, Miss Daisy verspreid een bloemetjesgeur waarmee ze haar tegenstander verleidt en zo op de knieën krijgt
 * ik geloof dat er predator-prey systemen zijn in vorige iGEM jaren waar we misschien wat inspiratie uit kunnen halen
 * iedere speler kan elke strategie kiezen op voorwaarde dat je tegelijk aangeeft voor welke bacteriekloon ze bedoeld is, bv. door een AND poort te gebruiken met steeds een specifieke input voor kloon 1 (rood) of kloon 2 (groen) en een andere input die het personage bepaalt
 * Als major input van de AND gate is bvb een T7 polymerase ideaal. Dan zijn de output promotors zeker vrij onderdrukt als er geen signaal gegeven is en moet de T7 promotor gewoont telkens gecombineerd worden met een activeerbare operator (eg Lac operator) voor bepaalde strategie-parts. Stel dat je in klone 1 het T7 polymerase gen achter een lichtsensing promotor zet (werkt de lichtsensor eigenlijk al endelijk) en in klone 2 lichtsensing promotor - invertor - T7 pol gen. Dan is er altijd iemand aan zet (licht = player 1, donker player 2 bvb), verspillen we niet te veel parts en blijven de dubbel gecontroleerde promotors haalbaar. -Zeunas 21:45, 5 June 2009 (UTC)
 * we hebben de originele lichtsensor (niet-BioBrick versie) ondertussen in huis en die blijkt perfect te werken volgens anderen maar wij hebben hem nog niet gebruikt -Ingethijs 10:53, 10 June 2009 (UTC)
 * De andere mogelijkheid lijkt mij een Ribokey ipv het T7 polymerase gen. Heeeeeeel gemakkelijk te combineren met allerlei induceerbare promotoren in de registry (de ribolocks dan). Bespaart dus wel wat werk in vgl met de T7 approach maar zal een hoger basaal expressieniveu van de verschillende strategie-parts tot gevolg hebben vrees ik. -Zeunas 21:45, 5 June 2009 (UTC)
 * uitdaging is hier veel soorten inputs te bedenken (of combinatie's van inputs via AND poort, dan zijn er meer mogelijkheden, maar wel op voorwaarde dat er dan een andere oplossing is om klonen/spelers van elkaar te onderscheiden) die makkelijk controleerbaar zijn en ook makkelijk uit het medium verwijderd kunnen worden
 * tenzij je elke speeldag met een verse overenting start (in de hoop dat de verhoudingen van de klonen hierdoor behouden blijft)
 * Misschien moet er nog ergens een ietwat random-factor in het spel gebracht worden. Kwestie van het wat onvoorspelbaarder te maken -Zeunas 21:45, 5 June 2009 (UTC)
 * biologie zelf is nog niet onvoorspelbaar genoeg voor u? ;) -Ingethijs 10:53, 10 June 2009 (UTC)

fijn stof

 * rook in cafés
 * probleem: lucht vs vloeibare cultuur

Dates

 * 12/5 - 14u: Karen, Didier and Bernard (Location: Bar LBK)
 * 11/5 - 12u: Maxim, Annelien en Katrien (location: Alma GHB)
 * 11/5 - 19u: Joren, Marian and Steven (Location: kot van Marian)
 * 14/5 - 8u30: Bart, Bart en Jochem (Locatie: Arenberg bib)

Annelien, Maxime en Katrien

 * Onsterfelijke bacterie. Met evt toepassing als supplier van medicatie (bv om dagelijkse inspuiting overbodig te maken) of met bepaalde functie (bv onderdrukken hongergevoel bij obesitaspatiënten)
 * lijkt op Dr.Coli
 * deel van iGEM is pub voor synbio: nu reclame maken op een ander vlak
 * Bewaren van transplantorganen. Bacteries die de omgeving 'voelen' (temperatuur, pH,...) en die nabootsen om optimaal bv transplantorganen te bewaren
 * Rookfilter-bacterie. Bacterie die lucht in longen zuivert van alle schadelijke bestanddelen in tabakslucht, evt fijn stof ea
 * Bacterie ipv tandpasta zoals eerder beschreven (great minds think alike)
 * astma of hooikoorts: binding tussen allergeen en antilichaam opnemen en verwijderen - te laat, cascade al in gang
 * plaquevorming - aderverkalking

Karen, Didier en Bernard

 * Bacterie die kan helpen bij de bestrijding van Mucovisidose
 * kan problematische receptor niet verhelpen
 * De anticonceptie bacterie: leek ons het meest interessant wegens de verschillende componenten die nodig zouden zijn om zo een bacterie te kunnen maken
 * De rookstop bacterie: deze zou nicotine afgeven
 * De anti-tandpasta bacterie: bacteriën in plaats van tandpasta
 * kanker - gouden nanobolletjes tussen tumorcellen -> bestraling botst met bolletjes -> effectieve straling: bolletjes dichter bij DNA brengen via bacterie/virus - transportsysteem
 * via magnetotactic bacteria?
 * nu via antilichaam

Gevonden link voor bij de anticonceptie bacteria.

Bart, Bart en Jochem
Tijdens onze brainstormsessie zijn een hele stapels ideëen naar voren gekomen, sommige zijn niet verder gekomen dan een idee en andere hadden al een hele vorm. Hieronder zijn zo de vier ideëen die we het meest interessant vonden neergezet plus alle informatie die we daarbij hadden gevonden of konden vinden en de ideëen erover. Daaronder hebben we de ideëen neergezet die minder interessant waren of waar we niet echt veel verder mee kwamen, maar misschien heeft iemand anders hier een idee voor. Alle ideëen zijn natuurlijk vrij aanpasbaar, als een idee van ons ervoor zorgt dat je een ander idee krijgt is dat natuurlijk alleen maar mooi ☺

Meest interessante ideëen
 * 1) Bacterie sensor  Deze bacterie zou een aantal dingen kunnen meten zoals bijvoorbeeld suikerconcentratie en insulineconcentratie. Het doel is dan om deze informatie via een soort ‘thuisbasis’ door te kunnen sturen naar een pc of laptop. Op deze manier kan je continue meten wat de concentratie is in plaats van een momentopname met de huidige sensoren. Andere mogelijkheden zijn om deze informatie tijdelijk op te slaan in een geheugen en pas na een tijd te meten, denk bijvoorbeeld aan tijdsmetingen snachts.
 * via magnetiet productie? - Joris
 * 1) Game of life,Vorig jaar had de universiteit van Groningen het idee om conways game of life in het echt na te maken (http://2008.igem.org/Team:Groningen), dit is dan implementatie van een aantal vaste regels waaraan de bacterie gebonden is en dit laten ontwikkelen/afspelen. Ons idee heeft eenzelfde basis maar met een interactieve rol van mensen, het idee is om dan een echt spel hiervan te maken en commandos te geven aan de kolonie bacteriën. Zo zou je bijvoorbeeld kunnen besluiten dat de bacterie kolonie zich meer moet richten op delen, of misschien dat ze zich meer moeten richten op het synthetiseren van een bepaalde aanval proteïn om de bacterie van de tegenstander weg te jagen. Op deze manier wordt het meer entertainment dan een leuk wiskundig ideetje en is het dus echt een game of life. De informatie voor de commandos kunnen dan doorgestuurd worden dmv prikkels gecodeert als een chemische stof, antilichamen, licht van een bepaalde freuquentie, etc...
 * sigmastratego?
 * 1) Cancer cure Een kankercel is een ‘losgeslagen’ cel van de host. In plaats van de normale gang van zaken te volgen is het mechanisme dat het delen controlleert losgeslagen en deelt de cel erop los. In verschillende organen zijn hier verschillende mutaties voor nodig. Er is echter 1 enzyme wat bij elke kanker cel nodig is en in andere cellen bijna niet voorkomt (met uitzondering van een lage activiteit in sperma cellen/huid cellen of stamcellen), dit is telomerase. Aan het einde van de chromosome zit een reeks nutteloos dna, de telemoren, bij de replicatie van het DNA kan dit laatste stuk niet meegekopieëerd worden en wordt dit aangevuld door telomerase. Als een cel geen telomerase synthetiseert kan het zo een 30/50 keer delen voordat de telomeren te kort zijn en het delen stopt. Een kankercel kan eigenlijk eeuwig doorgaan. Het verhinderen van telemorase expressie (antisense RNA, siRNA) of het verhinderen van telemorase zelf (antilichamen etc..) zou dus kunnen helpen in het stoppen van kanker. Een mogelijk probleem hierbij is tijd voordat de kanker stopt met delen, een tumor is namelijk meestal pas groot genoeg voor detectie na zo een 80 delingen. Mogelijke oplossing zou een detectie/sensor bacterie kunnen zijn dat je eens in de zoveel tijd inneemt en telomerase activiteit meet, boven een bepaalde treshold (om geen sperma cellen of andere cellen te mollen) kan deze dan alarm slaan of de aanval openen of iets dergelijks. Meer info over kanker en telomerase:
 * 2) * Info over telomerase
 * 3) * siRNA vs Telomerase inhibition
 * 4) * info over deel telomerase enzyme
 * onder het motto "als je wil winnen bij iGEM moet je iets hebben tegen kanker"
 * hoe detecteer je de juiste cellen?
 * wat met sperma, stamcellen,...?
 * 1) Afbraak van polymeren er zijn veelgebruikte plastics die niet afgebroken kunnen worden. Het idee hier is het ontwikkelen van een bacterie die dit soort polymeren kan afbreken, of door conversie van lichtenergie of energie uit de afbraak van de verschillende bonds. Meer info:
 * 2) * afbraak van polymeren
 * 3) * biodegradable polyethylene
 * 4) * microbial biodegradability of PET

Andere ideëen:
 * 1) Bacterie die een structuur kan maken, denk aan Imperial college van vorig jaar: http://2008.igem.org/Team:Imperial_College, wat nu als er verschillende lichtintensiteit is of meerdere lagen willen deponeren
 * 2) Dynamische houdbaarheidssensor een sensor die meet wanneer de houdbaarheids datum overschreden wordt (meting) of die hier iets aan kan doen (actieve bacterie)
 * 3) E-ink het synthetiseren van een bepaalde proteïn afhankelijk van een spanningen, De ene spanning resulteert in de ene proteïn en de tweede in een andere. Op die manier kan je een e-ink effect krijgen (met witte en zwarte deeltjes)
 * 4) * meer info over e-ink
 * 5) * Meer info over dieren met die mogelijkheid
 * 6) Biofuel producing bacteria Een bacterie die octaan/methaan/ petroleum of waterstof synthetiseert uit andere basisstoffen. Eventueel door gebruik van photsynthese of afbraak van andere stoffen voor energie. Meer info zie:
 * 7) * Fuel form food waste, bacteria power
 * 8) * Hydrogen producing bacteria
 * 9) * Biology of hydrogen production
 * 10) Biologische computer/ binair rekenen met bacteriëen
 * 11) Sneller vaccin tegen griep
 * 12) Evolving defense system against harmfull bacteria
 * 13) Bacteriëen tegen mucoviscidose (of tegen besmetting of voor het leveren van chloor pompen)
 * 14) * Lung infection
 * 15) * Engineered proteins bypass genetic defect

Steven, Marian en Joren

 * Eco-saver: Het idee van een bacterie die overschotten aan mineralen kan capteren en vastleggen verder uitgewerkt. We zouden gebruik maken van een fusieproteïne met aggregaatstaarten aan een Lysine en Arginine rijk proteïne vastgemaakt. Op die manier kan een overtollige hoeveelheid stikstof in oplossingen worden vermeden.
 * eutrofiëring
 * Sfeerbacteriën: Zouden door middel van een trigger een bepaalde kleur van licht kunnen uitzenden (door middel van luciferase), en tegelijkertijd een geur produceren door middel van ester-productie. (Heel kitch, maar wel cool)
 * iets met geur
 * Jezus-bacterie: zorgt niet voor vrede op aarde, maar kan wel water omzetten in wijn. Misschien beginnen met suikerwater en deze laten opzetten in grenadine of een ander rood drankje.
 * Tandenpoets bacterie: stopt de biofilm vorming op de tanden en geeft tegelijkertijd een lekker munt geurtje af. Heel gelijkend op wat anderen al hadden + een geurtje.
 * licht of kleur vormende bacteriën die druk kunnen waarnemen. Wanneer je dan met je hand op een plaat zou duwen, komt er een patroon tevoorschijn.