Team:KULeuven/8 July 2009

From 2009.igem.org

(Difference between revisions)
(→Regel bacterie)
Line 1: Line 1:
{{Team:KULeuven/Notebook/DayNavigator}}
{{Team:KULeuven/Notebook/DayNavigator}}
=Stand van zaken=
=Stand van zaken=
-
Er zijn 2 projecten uitgewerkt en voorgesteld.
+
Currently there are 2 projects being worked on. Friday (10th of July at 12.45 in lokaal LAND 00.210.) we make a definite decission for which project we will do. So tomorow (thursday) will be used to find solutions for the problems/questions (challenges?) in both projects. Below is a short summary of the progress and questions in both projects.
-
Het idee is om op vrijdag (10 juli om 12u45 in lokaal LAND 00.210.) een definitieve beslissing te maken welk project uit te voeren. Morgen (donderdag) wordt dan gebruikt om een oplossing te vinden voor de problemen/vraagstukken (uitdagingen?) in beide projecten. Hieronder een korte samenvatting van de stand van zaken en de vraagstukken van beide projecten.  
+
==Regulation bacteria==
 +
The main idea is to develop a bacteria that regulates the concentration of a molecule 'X' and keeps it constant by a dynamical equilibrium (see presentation). This is being done by simultaneous synthesis and degradation (with 1 or 2 being dependant on concentration), a dynamical equilibrium exists when the synthesis equals the degradation. This dynamical equilibrium can be set by using light sensor, the light intensity would then be proportional to the concentration for the equilibrium.
-
==Regel bacterie==
+
For the lightsensor we found a biobrick plus a paper from nature in which the light intensity is related to the expression of 'black output'
-
Het principe is om een bacterie te creëeren die de concentratie van een bepaalde molecuul 'X' constant houdt door middel van een dynamische evenwicht. Tegelijkertijd synthese en afbraak van deze molecule zorgt voor een evenwicht als 1 van de 2 afhankelijk is van de concentratie (zie presentatie). Dit evenwichtspunt kan dan ingesteld worden door gebruik te maken van een lichtsensor. De lichtintensiteit is dan evenredig met het evenwichtspunt.
+
-
 
+
-
Voor de lichtsensor hebben we een biobrick gevonden plus een paper uit nature waarin de lichtintensiteit gerelateerd werd aan de expressie van een 'black output'
+
*[http://partsregistry.org/Part:BBa_S03417 BBa_S03417]
*[http://partsregistry.org/Part:BBa_S03417 BBa_S03417]
*[http://partsregistry.org/wiki/index.php/Part:BBa_M30109 BBa_M30109]
*[http://partsregistry.org/wiki/index.php/Part:BBa_M30109 BBa_M30109]
-
*[http://www.nature.com/nature/journal/v438/n7067/abs/nature04405.html Nature artikel van Levskaya]
+
*[http://www.nature.com/nature/journal/v438/n7067/abs/nature04405.html Nature artikel from Levskaya]
-
Als voorbeeld is kort het principe van Leucine gekozen als te regelen factoor 'X' (zie presentatie). Leucine is een essentieel aminozuur voor eukaryote en zou daarom evt te regelen zijn (probleem, mensen met licht bestralen heel de dag is niet erg handig)
+
By example we chose the amino acid Leucine for molecule 'X' (see presentation). Leucine is an essential amino acid for eukaryotes and might be regulatable (by the way an additional problem if we would use this in humans is that we can't just radiate red light the entire day on them)
-
[https://2009.igem.org/Image:Voorsteling_project_regel-bacterie.pdf Presentatie van het project regel bacterie]
+
[https://2009.igem.org/Image:Voorsteling_project_regel-bacterie.pdf Presentation of the regulation bacteria]
-
===Problemen/vraagstukken(/uitdagingen?)===
+
===Problems/questions(/challenges?)===
-
Het concept heeft 2 problemen op het moment, namelijk
+
This concept has currently 2 problems, namely:
-
# Het huidige voorstel voor het dynamisch evenwicht zorgt niet voor een te controlleren evenwicht omdat externe synthese of afbraak een ander evenwicht veroorzaken en er daardoor schommelingen ontstaan die we juist tegen willen gaan
+
#The current proposal for the dynamical equilibrium (see presentation) will not result in a controlling equilibrium because the external synthesis or degradation would shift the equilibrium to another concentration, which is exactly what we are trying to prevent.
-
#* oplossing, gebruik van een gewenste waarde afhankelijk van de lichtintensiteit waartegen de concentratie wordt vergeleken en wat bepaald hoeveel er wordt gesynthetiseerd of afgebroken. Dit moet alleen nog in het biologische systeem omgezet worden
+
#* Solution (yea we got one ^^), use of a desired value instead of the amount of protein synthesized. The desired value is set by the light intensity and results in a concentration of a reference molecule. The concentration of molecule 'X' is compared to this reference after which it is decided to synthesize or degrade more of molecule 'X'.
-
# Vinden van de magische molecuul 'X' (in plaats van Leucine). Belangrijk is dan om te weten waar we het in gaan gebruiken (in een aquarium?) en wat de molecule voor nut toevoegd (voedingsstof/vitamine/etc..?). De eisen voor magisch molecuul 'X' zijn:
+
# FIND OUR MAGICAL MOLECULE 'X' (replacement of Leucine). It is important to know where we will use it (ideas: aquaria, plants, bioreactor) and what this molecule adds for use (nutrient/vitamine/food/etc..?). The demands for magical molecule 'X' are:
-
#* Nut voor het systeem waar we het insteken (als op een andere manier de concentratie makkelijk te regelen is of de concentratie is niet interessant dan is het een nutteloze oplossing)
+
#*usefelness for the system, regulation of the concentration of the substance should not be regulated by another chemical/physical way because then it is not interesting to develop in a bacteria.
-
#* actief te transporteren naar binnen EN buiten de cel
+
#* Active transport inside AND outisde the cell
-
#** Mogelijkheid is ook om de molecuul te modificeren tijdens het transport OF iets te transporteren (naar binnen de cel) wat evenredig is aan de concentratie van de molecuul 'X' buiten de cel.
+
#** It might be possible to modify the molecule during transport OR transport something (inside the cell) that is proportional to the concentration of the molecule 'X' outisde the cell.
-
#* Mogelijkheid om te synthetiseren door de bacterie.
+
#* Possibility to synthesize the molecule by the bacteria.
-
Vooral probleem 2 is een val of sta punt, help is appreciated ^^
+
Especially problem 2 is an important problem, help is appreciated ^^
==The blue lagoon==
==The blue lagoon==
 +
 +
==Others==
 +
On thursday we expect some koffiekoeke

Revision as of 08:20, 9 July 2009

Contents

Stand van zaken

Currently there are 2 projects being worked on. Friday (10th of July at 12.45 in lokaal LAND 00.210.) we make a definite decission for which project we will do. So tomorow (thursday) will be used to find solutions for the problems/questions (challenges?) in both projects. Below is a short summary of the progress and questions in both projects.

Regulation bacteria

The main idea is to develop a bacteria that regulates the concentration of a molecule 'X' and keeps it constant by a dynamical equilibrium (see presentation). This is being done by simultaneous synthesis and degradation (with 1 or 2 being dependant on concentration), a dynamical equilibrium exists when the synthesis equals the degradation. This dynamical equilibrium can be set by using light sensor, the light intensity would then be proportional to the concentration for the equilibrium.

For the lightsensor we found a biobrick plus a paper from nature in which the light intensity is related to the expression of 'black output'

  • [http://partsregistry.org/Part:BBa_S03417 BBa_S03417]
  • [http://partsregistry.org/wiki/index.php/Part:BBa_M30109 BBa_M30109]
  • [http://www.nature.com/nature/journal/v438/n7067/abs/nature04405.html Nature artikel from Levskaya]

By example we chose the amino acid Leucine for molecule 'X' (see presentation). Leucine is an essential amino acid for eukaryotes and might be regulatable (by the way an additional problem if we would use this in humans is that we can't just radiate red light the entire day on them)

Presentation of the regulation bacteria

Problems/questions(/challenges?)

This concept has currently 2 problems, namely:

  1. The current proposal for the dynamical equilibrium (see presentation) will not result in a controlling equilibrium because the external synthesis or degradation would shift the equilibrium to another concentration, which is exactly what we are trying to prevent.
    • Solution (yea we got one ^^), use of a desired value instead of the amount of protein synthesized. The desired value is set by the light intensity and results in a concentration of a reference molecule. The concentration of molecule 'X' is compared to this reference after which it is decided to synthesize or degrade more of molecule 'X'.
  2. FIND OUR MAGICAL MOLECULE 'X' (replacement of Leucine). It is important to know where we will use it (ideas: aquaria, plants, bioreactor) and what this molecule adds for use (nutrient/vitamine/food/etc..?). The demands for magical molecule 'X' are:
    • usefelness for the system, regulation of the concentration of the substance should not be regulated by another chemical/physical way because then it is not interesting to develop in a bacteria.
    • Active transport inside AND outisde the cell
      • It might be possible to modify the molecule during transport OR transport something (inside the cell) that is proportional to the concentration of the molecule 'X' outisde the cell.
    • Possibility to synthesize the molecule by the bacteria.

Especially problem 2 is an important problem, help is appreciated ^^

The blue lagoon

Others

On thursday we expect some koffiekoeke

Retrieved from "http://2009.igem.org/Team:KULeuven/8_July_2009"