Team:Groningen/Modelling/model/calc.js

From 2009.igem.org

(Difference between revisions)
Line 140: Line 140:
function modelTotal(){
function modelTotal(){
-
 
-
// Definieren van begincondities dit zijn dus constanten die later niet gebruikt worden
 
-
  //Begincondities (op tijdstip nul) die in het 0-de element van een array moeten worden gezet.
 
-
  var data = { AsexT:  [5],
 
-
            ArsBas: [0],
 
-
            GlpFas: [0],
 
-
            GlpFT:  [5],
 
-
            ArsBT:  [5],
 
-
            AsinT:  [0],
 
-
            ars1T:  [5],
 
-
            ars2T:  [5],
 
-
            pro:    [5],
 
-
            ArsRT:  [5],
 
-
            GV:    [0],
 
-
            Time:  [0]};
 
-
  // Begincondities die constantes blijven
+
alert("huh");
-
  var Vc = 10;
+
-
  var Timestep = 10;
+
-
  var N = Time/Timestep; // dit gaat niet goed!! je kunt niet delen door de gehele array misschien een totaltime ofzo gebruiken
+
-
  var Vs = 10;
+
-
  var k8 = 10;
+
-
  var v5 = 10;
+
-
  var tauG = 10;
+
-
  var tauB = 10;
+
-
  var tauR = 10;
+
-
  var Beta5 = 10;
+
-
  var Beta4 = 10;
+
-
  var Beta3 = 10;
+
-
  var Beta1 = 10;
+
-
  var K3d = 0,33; // micromolair;
+
-
  var K1d = K3d/10;
+
-
//Er komen nog een hoop nieuwe variabelen aan stop ze tenzij anders aangegeven allemaal in een Array
 
-
    //We stoppen nu het gehele programma in een loop (Ik doe een forloop, je moet zelf maar kijken wat het handigst is.)
 
-
  var TOL = 10^-6;
 
-
  var getal = 500;
 
-
  var Yvalue = getal > TOL; // is dit een if lus??? of zomaar iets om een waarde aan y te geven??
 
-
 
 
-
 
 
-
 
 
-
var dataEndConcentrations = {  ArsB:  [0],
 
-
Asin:  [0],
 
-
ArsR:  [0],
 
-
ars:  [0],
 
-
GlpF:  [0],
 
-
ArsRas:[0],
 
-
Asex:  [0]};
 
-
  for(var i = 1 ; i < N ; i++) {
+
} // end function
-
//We passen nu eerst Newton's methode toe
+
-
// Eerst maken we een Array X met de Afschatting van de variabelen
+
-
+
-
// heb nu de waarden genomen van uit de array's en die in de tmp array x gezet.
+
-
+
-
var x =new Array(6);
+
-
x[0] = ArsBT[i]/2; //(ArsB)
+
-
x[1] = Asex[i]/10; // Asin        // zit nog niks in asex dus kun je ook niet delen
+
-
x[2] = ArsRT[i]/3; // ArsR
+
-
x[3] = ArsRT[i]/3; // ars
+
-
x[4] = GlpF[i]/2; // GlpF        // zit nog niks in GLPF dus kun je ook niet delen
+
-
x[5] = ArsRT[i]/3; // ArsRas
+
-
x[6] = Asex[i]/2;  // Asex      // zit nog niks in asex dus kun je ook niet delen
+
-
+
-
 
+
-
//Nu maken we weer een forloop aan
+
-
for ( var j = 1; j <= N && Yvalue>TOL; j++) {
+
-
   
+
-
// variabelen ??
+
-
var K7 = 10;
+
-
+
-
+
-
var f =new Array(6); // als het een functie moet zijn, dan moet het vast anders gedifineerd worden
+
-
    f[0] =  ((ArsBT[i] * K7) / (x[1] + K7)) - x[0]
+
-
f[1] = ((AsinT[i]) / (1 + (x[2] / K1d) + (x[0]) / K7))) - X[1];
+
-
F[2] = ((ArsRT[i]) / (1 + (x[1] / K1d) + (2 * x[2] * x[3] / K3d))) - x[2];
+
-
F[3] = ((K3d) / (x[2]^2 + K3d)) - x[3] ;
+
-
F[4] = ((GlpFT[i] * K5) / (x(6) + K5)) - x[4];
+
-
F[5] = ((ARsRT[i] * x[1] / K1d) / (1 + (x[1] / K1d) + (2 * x[2] * x[3] / K3d))) - x[5];
+
-
F[6] = ((AsexT[i] * K5) / (K5 + x[4])) - x[6];
+
-
+
-
+
-
    // matrix:  http://www.iterasi.net/openviewer.aspx?sqrlitid=pvgcg4m2ike_hwifjguc5a geen idee hoe het er weer uit moet drm, array in array
+
-
+
-
//Hierna maken we een Matrix 7x7 matrix J aan
+
-
var matrix = new Array(7);
+
-
j[0] = new Array(7);
+
-
j[1] = new Array(7);
+
-
j[2] = new Array(7);
+
-
j[3] = new Array(7);
+
-
j[4] = new Array(7);
+
-
j[5] = new Array(7);
+
-
j[6] = new Array(7);
+
-
j[7] = new Array(7);
+
-
+
-
j[1][1] = -1;  j[1][2] = 0; j[1][3] = 0; j[1][4] = 0; j[1][5] = 0; j[1][6] = 0; j[1][7] = 0;
+
-
    j[2][1] = 0;  j[2][2] = -1; j[2][3] = 0; j[2][4] = 0; j[2][5] = 0; j[2][6] = 0; j[2][7] = 0;
+
-
j[3][1] = 0;  j[3][2] = 0; j[3][3] = (-2 * ((ArsRT) / (1 + (x[1] / K1d) + (2 * x[2] * x[3] / K3d))^2) - 1); j[3][4] = 0; j[3][5] = 0; j[3][6] = 0; j[3][7] = 0;
+
-
    j[4][1] = 0;  j[4][2] = 0; j[4][3] = 0; j[4][4] = -1; j[4][5] = 0; j[4][6] = 0; j[4][7] = 0;
+
-
j[5][1] = 0;  j[5][2] = 0; j[5][3] = 0; j[5][4] = 0; j[5][5] = -1; j[5][6] = 0; j[5][7] = 0;
+
-
j[6][1] = 0;  j[6][2] = 0; j[6][3] = 0; j[6][4] = 0; j[6][5] = 0; j[6][6] = -1; j[6][7] = 0;
+
-
j[7][1] = 0;  j[7][2] = 0; j[7][3] = 0; j[7][4] = 0; j[7][5] = 0; j[7][6] = 0; j[7][7] = -1;
+
-
+
-
//Nu maken we een Array Y aan
+
-
var y =new Array(6);
+
-
y[0] = f[0]/ j[1][1];
+
-
y[1] = f[1]/ j[2][2];
+
-
y[2] = f[2]/ j[3][3];
+
-
y[3] = f[3]/ j[4][4];
+
-
y[4] = f[4]/ j[5][5];
+
-
y[5] = f[5]/ j[6][6];
+
-
y[6] = f[6]/ j[7][7];
+
-
+
-
+
-
// Math.abs om de Y waarden zetten (bijv. Math.abs(Y(0)))
+
-
Yvalue = Math.abs(Y[0]) + Math.abs(Y[1]) + Math.abs(Y[2]) + Math.abs(Y[3]) + Math.abs(Y[4]) + Math.abs(Y[5]) + Math.abs(Y[6]);
+
-
 
+
-
+
-
+
-
for ( i = 0 ; i <= 6 ; i++) {
+
-
x[i] = x[i] + y[i];
+
-
}
+
-
}
+
-
+
-
if(x[0]>0){
+
-
ArsB[i] = x[0];
+
-
}esle{
+
-
ArsB[i]= 0;
+
-
}
+
-
+
-
if(x[1]>0){
+
-
Asin[i] = x[1];
+
-
}esle{
+
-
Asin[i] = 0;
+
-
}
+
-
+
-
if(X(2)>0){
+
-
ArsR[i] = x[2];
+
-
}esle{
+
-
ArsR[i] = 0;
+
-
}
+
-
+
-
if(X(3)>0){
+
-
ars[i] = x[3];
+
-
}esle{
+
-
ars[i] = 0;
+
-
}
+
-
+
-
if(X(4)>0){
+
-
GlpF[i] = x[4];
+
-
}esle{
+
-
GlpF[i] = 0;
+
-
}
+
-
+
-
if(x[5]>0){
+
-
ArsRas[i] = x[5];
+
-
}esle{
+
-
ArsRas[i] = 0;
+
-
}
+
-
+
-
if(X(6)>0){
+
-
Asex[i] = x[6];
+
-
}esle{
+
-
Asex[i] = 0;
+
-
}
+
-
+
-
+
-
var data2 = {
+
-
ars1:  [0],
+
-
ars2:  [0],
+
-
ArsBas: [0],
+
-
GlpFas: [0], // ookal bovenin gedifineerd, is het dezelfde of een andere
+
-
arsT:  [0],
+
-
ArsRars:[0],
+
-
Asex:  [0], //  ookal bovenin gedifineerd, is het dezelfde of een andere
+
-
k6:    [0]};    // is dit ook een array?? blijft deze niet gewoon een vaste snelheid houden??
+
-
 
+
-
//Nu gaan we verdere variabelen opstellen ook deze moeten weer in Array's komen te staan
+
-
k6[i] = (v5 * Vc) / (GlpFT[i] * Vs);
+
-
ars1[i] = (ars1T[i] * K3d) /(K3d + ArsR[i]^2);
+
-
if(ars1[i])<0){
+
-
ars1[i] = 0;
+
-
}
+
-
ars2[i] = (ars2T[i] * K3d) /(K3d + ArsR[i]^2);
+
-
if(ars2[i]<0){
+
-
ars2[i] = 0;
+
-
}
+
-
ArsBas[i] = ArsBT[i] - ArsB[i];
+
-
if(ArsBas[i]<0){
+
-
ArsBas[i] = 0;
+
-
}
+
-
GlpFas[i] = GlpFT[i] - GlpF[i];
+
-
if(GlpFas[i]<0){
+
-
GlpFas[i] = 0;
+
-
}
+
-
arsT[i] = ars1T[i] + ars2T[i];
+
-
if(arsT[i]<0){
+
-
arsT[i] = 0;
+
-
}
+
-
ArsRars[i] = arsT(i) - ars(i);
+
-
if(ArsRars[i]<0){
+
-
ArsRars[i] = 0;
+
-
}
+
-
Asex[i] = AsexT[i] - GlpFas[i];
+
-
if(Asex[i]<0){
+
-
Asex[i] = 0;
+
-
}
+
-
 
+
-
//We gaan nu met Eulers methode de volgende slag voorbereiden
+
-
AsexT[i+1] = AsexT[i] + Timestep((Vc/Vs)*k8*ArsBas[i]-k6*GlpFas[i]);
+
-
if (AsexT [i+1]<0){
+
-
AsexT[i+1] = 0;
+
-
}
+
-
GlpfT[i+1] = GlpfT[i];
+
-
ArsBT[i+1] = ArsBT[i] + Timestep*(Beta4*ars1[i] - Ln[2]/(tauB * ArsB[i]));
+
-
if (ArsBT[i+1]<0){
+
-
ArsBT[i+1] = 0;
+
-
}
+
-
AsinT[i+1] = AsinT[i] + Timestep*((Vs/Vc)*k6*GlpFas[i]-k8*ArsBas[i]);
+
-
if (AsinT[i+1]<0){
+
-
AsinT[i+1] = 0;
+
-
}
+
-
ars1T[i+1] = ars1T[i];
+
-
if (ars1T[i+1]<0){
+
-
ars1T[i+1] = 0;
+
-
}
+
-
ars2T[i+1] = ars2T[i];
+
-
if (ars2T[i+1]<0){
+
-
ars2T[i+1] = 0;
+
-
}
+
-
pro[i+1] = pro[i];
+
-
if (pro[i+1]<0){
+
-
pro[i+1] = 0;
+
-
}
+
-
ArsRT[i+1] = ArsRT[i] + Timestep(Beta1*ars1[i] + Beta3*pro[i] - (ln[2]/tauR)*ArsR[i]);
+
-
if (ArsRT[i+1]<0){
+
-
ArsRT[i+1] = 0;
+
-
}
+
-
GV[i+1] = GV[i] + Timestep(Beta5*ars2[i] - ln[2]*tauG*GV[i])
+
-
if (GV[i+1]<0){
+
-
GV[i+1] = 0;
+
-
}
+
-
Time[i+1] = Time[i] + Timestep;
+
-
if (Time[i+1]<0){
+
-
Time[i+1] = 0;
+
-
}
+
-
}
+
-
 
+
-
 
+
-
 
+
-
 
+
-
 
+
-
 
+
-
 
+
-
 
+
-
 
+
-
 
+
-
 
+
-
}
+

Revision as of 12:04, 3 September 2009

function calc(){ 

 //  gets input
 var growthFactorNode = document.getElementById("growthFactor");

 // reads input
 var growthFactor = Number(growthFactorNode.value); 
 
 // begin variable
 var time = 0;
 var x = 0;
 var y = 0;
 arrValueX = new Array();
 arrValueY = new Array();



 // process
 var growthFactor = growthFactor + 1;
 for (var time = 0; time < 30; time++) {
   var y = growthFactor*x*x;
   var x = x + 1;
   arrValueX.push(x);
   arrValueY.push(y);
 }
 

 // Set outputs
 setOutput(growthFactorAnswer, growthFactor ); 
 document.getElementById('modelDataGraph').refresh();

}


function setOutput(node,v) { 

 node.innerHTML = formatNumberToHTML(v);
 node.value = v;

}


function formatNumberToHTML(v,p) { 

 if (p===undefined) p = 5;
 return v.toPrecision(p)
         .replace(/e\+([0-9]+)$/i,'·10$1')
         .replace(/e\-([0-9]+)$/i,'·10-$1');

}


// ------ Annelies timer functie ---------

var mijnTimer;

function tijd(){ 

 //  gets input
 var timeMiliSecNode = document.getElementById("timeMiliSec");
 // reads input
 var timeMiliSec2 = Number(timeMiliSecNode.value); 

 //alert("functie tijd: "+timeMiliSec2);

 if (mijnTimer) clearInterval(mijnTimer);
 mijnTimer = setInterval( "doSomething()",timeMiliSec2);

}

function doSomething(){ 

   //alert("functie doe iets BOVEN DE IF LUS: "+doSomething.time);

   if (doSomething.time === undefined) {

     doSomething.time = 0;
     
     //alert("functie doe ietsFDBADFNA: "+doSomething.time);
   }

   // Set outputs
   setOutput(tijdAnswer, doSomething.time);
   doSomething.time += 1;
  
   transport();

}



// -------- transport model, geeft waarden mee in een object/array ----------


function transport(){ 

alert("TRANSPORT");

// variablen
 var data = {time: [0],
             AsIn: [0],
             ArsB: [5],
             AsEx: [5],
             GlpF: [5],
             GlpFAs: [0],
             ArsBAs: [0]};

// constanten 

 var totalTime = 300;
 var stepSize = 0.1;
 var K5on = 1;
 var K5off = 1e-6;
 var K6 = 1e-3;
 var Vc = 1.1 - 0.0073;
 var Vs = 0.0073;
 var K7on = 1;
 var K7off = 1e-6;
 var K8 = 1e-3;



 var N = totalTime / stepSize ;

 for (var i=1;i<=N;i++){
   data.GlpFAs[i] = data.GlpFAs[i-1] + stepSize * (K5on * data.AsEx[i-1] * data.GlpF[i-1] - (K5off + K6) * data.GlpFAs[i-1]);
   data.AsEx[i] = data.AsEx[i-1] + stepSize * (-K5on * data.AsEx[i-1] * data.GlpF[i-1] + K5off * data.GlpFAs[i-1] + (Vc/Vs) * K8 * data.ArsBAs[i-1]);
   data.GlpF[i] = data.GlpF[i-1] + stepSize * (-(K5on * data.AsEx[i-1] * data.GlpF[i-1] - (K5off + K6) * data.GlpFAs[i-1]));
   data.ArsBAs[i] = data.ArsBAs[i-1] + stepSize * (K7on * data.AsIn[i-1] * data.ArsB[i-1] - (K7off+K8) * data.ArsBAs[i-1]);
   data.AsIn[i] = data.AsIn[i-1] + stepSize * (-K7on * data.AsIn[i-1] * data.ArsB[i-1] - (K7off + K8) * data.ArsBAs[i-1] - K8 * data.ArsBAs[i-1] + (Vs/Vc) * K6 * data.GlpFAs[i-1]);
   data.ArsB[i] = data.ArsB[i-1] + stepSize * (-(K7on * data.AsIn[i-1] * data.ArsB[i-1] - (K7off + K8) * data.ArsBAs[i-1]));
   data.time[i] = data.time[i-1] + stepSize;
 }

 setOutput(ModelAnswer, data.AsEx[4]); 
 var modelDataNode = document.getElementById("modelData");
 modelDataNode.data = data;

 document.getElementById("modelDataGraph").refresh();

}


// ------- het gehele model -------------------------------------------


function modelTotal(){

alert("huh");


} // end function

Retrieved from "http://2009.igem.org/Team:Groningen/Modelling/model/calc.js"