"
Team:Groningen/Modelling/model/calc.js
From 2009.igem.org
function calc(){
// gets input
var growthFactorNode = document.getElementById("growthFactor");
// reads input var growthFactor = Number(growthFactorNode.value); // begin variable var time = 0; var x = 0; var y = 0; arrValueX = new Array(); arrValueY = new Array();
// process
var growthFactor = growthFactor + 1;
for (var time = 0; time < 30; time++) {
var y = growthFactor*x*x;
var x = x + 1;
arrValueX.push(x);
arrValueY.push(y);
}
// Set outputs
setOutput(growthFactorAnswer, growthFactor );
document.getElementById('modelDataGraph').refresh();
}
function setOutput(node,v) {
node.innerHTML = formatNumberToHTML(v); node.value = v;
}
function formatNumberToHTML(v,p) {
if (p===undefined) p = 5;
return v.toPrecision(p)
.replace(/e\+([0-9]+)$/i,'·10$1')
.replace(/e\-([0-9]+)$/i,'·10-$1');
}
// ------ Annelies timer functie ---------
var mijnTimer;
function tijd(){
// gets input
var timeMiliSecNode = document.getElementById("timeMiliSec");
// reads input
var timeMiliSec2 = Number(timeMiliSecNode.value);
//alert("functie tijd: "+timeMiliSec2);
if (mijnTimer) clearInterval(mijnTimer); mijnTimer = setInterval( "doSomething()",timeMiliSec2);
}
function doSomething(){
//alert("functie doe iets BOVEN DE IF LUS: "+doSomething.time);
if (doSomething.time === undefined) {
doSomething.time = 0;
//alert("functie doe ietsFDBADFNA: "+doSomething.time);
}
// Set outputs setOutput(tijdAnswer, doSomething.time); doSomething.time += 1; transport();
}
// -------- transport model, geeft waarden mee in een object/array ----------
function transport(){
alert("TRANSPORT");
// variablen
var data = {time: [0],
AsIn: [0],
ArsB: [5],
AsEx: [5],
GlpF: [5],
GlpFAs: [0],
ArsBAs: [0]};
// constanten
var totalTime = 300; var stepSize = 0.1; var K5on = 1; var K5off = 1e-6; var K6 = 1e-3; var Vc = 1.1 - 0.0073; var Vs = 0.0073; var K7on = 1; var K7off = 1e-6; var K8 = 1e-3;
var N = totalTime / stepSize ;
for (var i=1;i<=N;i++){
data.GlpFAs[i] = data.GlpFAs[i-1] + stepSize * (K5on * data.AsEx[i-1] * data.GlpF[i-1] - (K5off + K6) * data.GlpFAs[i-1]);
data.AsEx[i] = data.AsEx[i-1] + stepSize * (-K5on * data.AsEx[i-1] * data.GlpF[i-1] + K5off * data.GlpFAs[i-1] + (Vc/Vs) * K8 * data.ArsBAs[i-1]);
data.GlpF[i] = data.GlpF[i-1] + stepSize * (-(K5on * data.AsEx[i-1] * data.GlpF[i-1] - (K5off + K6) * data.GlpFAs[i-1]));
data.ArsBAs[i] = data.ArsBAs[i-1] + stepSize * (K7on * data.AsIn[i-1] * data.ArsB[i-1] - (K7off+K8) * data.ArsBAs[i-1]);
data.AsIn[i] = data.AsIn[i-1] + stepSize * (-K7on * data.AsIn[i-1] * data.ArsB[i-1] - (K7off + K8) * data.ArsBAs[i-1] - K8 * data.ArsBAs[i-1] + (Vs/Vc) * K6 * data.GlpFAs[i-1]);
data.ArsB[i] = data.ArsB[i-1] + stepSize * (-(K7on * data.AsIn[i-1] * data.ArsB[i-1] - (K7off + K8) * data.ArsBAs[i-1]));
data.time[i] = data.time[i-1] + stepSize;
}
setOutput(ModelAnswer, data.AsEx[4]);
var modelDataNode = document.getElementById("modelData");
modelDataNode.data = data;
document.getElementById("modelDataGraph").refresh();
}
// ------- het gehele model -------------------------------------------
function modelTotal(){
// Definieren van begincondities dit zijn dus constanten die later niet gebruikt worden
//Begincondities (op tijdstip nul) die in het 0-de element van een array moeten worden gezet.
var data = { AsexT: [5],
ArsBas: [0],
GlpFas: [0],
GlpFT: [5],
ArsBT: [5],
AsinT: [0],
ars1T: [5],
ars2T: [5],
pro: [5],
ArsRT: [5],
GV: [0],
Time: [0]};
// Begincondities die constantes blijven var Vc = 10; var Timestep = 10; var N = Time/Timestep; // dit gaat niet goed!! je kunt niet delen door de gehele array misschien een totaltime ofzo gebruiken var Vs = 10; var k8 = 10; var v5 = 10; var tauG = 10; var tauB = 10; var tauR = 10; var Beta5 = 10; var Beta4 = 10; var Beta3 = 10; var Beta1 = 10; var K3d = 0,33; // micromolair; var K1d = K3d/10;
//Er komen nog een hoop nieuwe variabelen aan stop ze tenzij anders aangegeven allemaal in een Array
//We stoppen nu het gehele programma in een loop (Ik doe een forloop, je moet zelf maar kijken wat het handigst is.)
var TOL = 10^-6;
var getal = 500;
var Yvalue = getal > TOL; // is dit een if lus??? of zomaar iets om een waarde aan y te geven??
var dataEndConcentrations = { ArsB: [0],
Asin: [0], ArsR: [0], ars: [0], GlpF: [0], ArsRas:[0], Asex: [0]};
for(var i = 1 ; i < N ; i++) {
//We passen nu eerst Newton's methode toe // Eerst maken we een Array X met de Afschatting van de variabelen
// heb nu de waarden genomen van uit de array's en die in de tmp array x gezet.
var x =new Array(6); x[0] = ArsBT[i]/2; //(ArsB) x[1] = Asex[i]/10; // Asin // zit nog niks in asex dus kun je ook niet delen x[2] = ArsRT[i]/3; // ArsR x[3] = ArsRT[i]/3; // ars x[4] = GlpF[i]/2; // GlpF // zit nog niks in GLPF dus kun je ook niet delen x[5] = ArsRT[i]/3; // ArsRas x[6] = Asex[i]/2; // Asex // zit nog niks in asex dus kun je ook niet delen
//Nu maken we weer een forloop aan
for ( var j = 1; j <= N && Yvalue>TOL; j++) {
// variabelen ?? var K7 = 10;
var f =new Array(6); // als het een functie moet zijn, dan moet het vast anders gedifineerd worden
f[0] = ((ArsBT[i] * K7) / (x[1] + K7)) - x[0]
f[1] = ((AsinT[i]) / (1 + (x[2] / K1d) + (x[0]) / K7))) - X[1];
F[2] = ((ArsRT[i]) / (1 + (x[1] / K1d) + (2 * x[2] * x[3] / K3d))) - x[2];
F[3] = ((K3d) / (x[2]^2 + K3d)) - x[3] ;
F[4] = ((GlpFT[i] * K5) / (x(6) + K5)) - x[4];
F[5] = ((ARsRT[i] * x[1] / K1d) / (1 + (x[1] / K1d) + (2 * x[2] * x[3] / K3d))) - x[5];
F[6] = ((AsexT[i] * K5) / (K5 + x[4])) - x[6];
// matrix: http://www.iterasi.net/openviewer.aspx?sqrlitid=pvgcg4m2ike_hwifjguc5a geen idee hoe het er weer uit moet drm, array in array
//Hierna maken we een Matrix 7x7 matrix J aan var matrix = new Array(7); j[0] = new Array(7); j[1] = new Array(7); j[2] = new Array(7); j[3] = new Array(7); j[4] = new Array(7); j[5] = new Array(7); j[6] = new Array(7); j[7] = new Array(7);
j[1][1] = -1; j[1][2] = 0; j[1][3] = 0; j[1][4] = 0; j[1][5] = 0; j[1][6] = 0; j[1][7] = 0;
j[2][1] = 0; j[2][2] = -1; j[2][3] = 0; j[2][4] = 0; j[2][5] = 0; j[2][6] = 0; j[2][7] = 0;
j[3][1] = 0; j[3][2] = 0; j[3][3] = (-2 * ((ArsRT) / (1 + (x[1] / K1d) + (2 * x[2] * x[3] / K3d))^2) - 1); j[3][4] = 0; j[3][5] = 0; j[3][6] = 0; j[3][7] = 0;
j[4][1] = 0; j[4][2] = 0; j[4][3] = 0; j[4][4] = -1; j[4][5] = 0; j[4][6] = 0; j[4][7] = 0;
j[5][1] = 0; j[5][2] = 0; j[5][3] = 0; j[5][4] = 0; j[5][5] = -1; j[5][6] = 0; j[5][7] = 0; j[6][1] = 0; j[6][2] = 0; j[6][3] = 0; j[6][4] = 0; j[6][5] = 0; j[6][6] = -1; j[6][7] = 0; j[7][1] = 0; j[7][2] = 0; j[7][3] = 0; j[7][4] = 0; j[7][5] = 0; j[7][6] = 0; j[7][7] = -1;
//Nu maken we een Array Y aan var y =new Array(6); y[0] = f[0]/ j[1][1]; y[1] = f[1]/ j[2][2]; y[2] = f[2]/ j[3][3]; y[3] = f[3]/ j[4][4]; y[4] = f[4]/ j[5][5];
y[5] = f[5]/ j[6][6];
y[6] = f[6]/ j[7][7];
// Math.abs om de Y waarden zetten (bijv. Math.abs(Y(0)))
Yvalue = Math.abs(Y[0]) + Math.abs(Y[1]) + Math.abs(Y[2]) + Math.abs(Y[3]) + Math.abs(Y[4]) + Math.abs(Y[5]) + Math.abs(Y[6]);
for ( i = 0 ; i <= 6 ; i++) { x[i] = x[i] + y[i]; } }
if(x[0]>0){ ArsB[i] = x[0]; }esle{ ArsB[i]= 0; }
if(x[1]>0){ Asin[i] = x[1]; }esle{ Asin[i] = 0; }
if(X(2)>0){ ArsR[i] = x[2]; }esle{ ArsR[i] = 0; }
if(X(3)>0){ ars[i] = x[3]; }esle{ ars[i] = 0; }
if(X(4)>0){ GlpF[i] = x[4]; }esle{ GlpF[i] = 0; }
if(x[5]>0){ ArsRas[i] = x[5]; }esle{ ArsRas[i] = 0; }
if(X(6)>0){ Asex[i] = x[6]; }esle{ Asex[i] = 0; }
var data2 = {
ars1: [0],
ars2: [0],
ArsBas: [0],
GlpFas: [0], // ookal bovenin gedifineerd, is het dezelfde of een andere
arsT: [0],
ArsRars:[0],
Asex: [0], // ookal bovenin gedifineerd, is het dezelfde of een andere
k6: [0]}; // is dit ook een array?? blijft deze niet gewoon een vaste snelheid houden??
//Nu gaan we verdere variabelen opstellen ook deze moeten weer in Array's komen te staan k6[i] = (v5 * Vc) / (GlpFT[i] * Vs); ars1[i] = (ars1T[i] * K3d) /(K3d + ArsR[i]^2); if(ars1[i])<0){ ars1[i] = 0; } ars2[i] = (ars2T[i] * K3d) /(K3d + ArsR[i]^2); if(ars2[i]<0){ ars2[i] = 0; } ArsBas[i] = ArsBT[i] - ArsB[i]; if(ArsBas[i]<0){ ArsBas[i] = 0; } GlpFas[i] = GlpFT[i] - GlpF[i]; if(GlpFas[i]<0){ GlpFas[i] = 0; } arsT[i] = ars1T[i] + ars2T[i]; if(arsT[i]<0){ arsT[i] = 0; } ArsRars[i] = arsT(i) - ars(i); if(ArsRars[i]<0){ ArsRars[i] = 0; } Asex[i] = AsexT[i] - GlpFas[i]; if(Asex[i]<0){ Asex[i] = 0; }
//We gaan nu met Eulers methode de volgende slag voorbereiden AsexT[i+1] = AsexT[i] + Timestep((Vc/Vs)*k8*ArsBas[i]-k6*GlpFas[i]); if (AsexT [i+1]<0){ AsexT[i+1] = 0; } GlpfT[i+1] = GlpfT[i]; ArsBT[i+1] = ArsBT[i] + Timestep*(Beta4*ars1[i] - Ln[2]/(tauB * ArsB[i])); if (ArsBT[i+1]<0){ ArsBT[i+1] = 0; } AsinT[i+1] = AsinT[i] + Timestep*((Vs/Vc)*k6*GlpFas[i]-k8*ArsBas[i]); if (AsinT[i+1]<0){ AsinT[i+1] = 0; } ars1T[i+1] = ars1T[i]; if (ars1T[i+1]<0){ ars1T[i+1] = 0; } ars2T[i+1] = ars2T[i]; if (ars2T[i+1]<0){ ars2T[i+1] = 0; } pro[i+1] = pro[i]; if (pro[i+1]<0){ pro[i+1] = 0; } ArsRT[i+1] = ArsRT[i] + Timestep(Beta1*ars1[i] + Beta3*pro[i] - (ln[2]/tauR)*ArsR[i]); if (ArsRT[i+1]<0){ ArsRT[i+1] = 0; } GV[i+1] = GV[i] + Timestep(Beta5*ars2[i] - ln[2]*tauG*GV[i]) if (GV[i+1]<0){ GV[i+1] = 0; } Time[i+1] = Time[i] + Timestep; if (Time[i+1]<0){ Time[i+1] = 0; } }
}
