Team:Chiba/Project
From 2009.igem.org
(→Introduction) |
(→Making a "bacterial timer"!) |
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+ | * our project is to make 複数種類の"bacterial timer". | ||
* our approach to this goal is to make a series of a transcription factor which each of them differes in a responce time of the transcription activation by an same inducer. | * our approach to this goal is to make a series of a transcription factor which each of them differes in a responce time of the transcription activation by an same inducer. | ||
* we believe that this device would be useful for making an macroscopic timing control in bacterial behavior or many application in synthetic biology & iGEM community. | * we believe that this device would be useful for making an macroscopic timing control in bacterial behavior or many application in synthetic biology & iGEM community. |
Revision as of 16:57, 20 October 2009
E.coli Time Manager -Since 2008-
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The Project |
IntroductionMaking a "bacterial timer"!
(手術予定)
そして、昨年は2段階の通信しか創れなかった。バリエーションが乏しい。
Project Design(手術予定) 2) Project Design ⑤Receiver側のAHL通信の仕組みを図説する。(1,AHLが入るところ(培地調節) 2,Receiver中のLuxR 3,Receiver中のReporter)
Experiments, Results & DiscussionLuxR mutantづくり
Experiments
(手術予定) ⑥Mutantを創る。(Error-proneが良い理由:バリエーションを創りやすい。新たなBiobrick作成方法としてError-prone PCRとスクリーニングをセットにしMutant-Partsの作り方を説明する。) ⑦さらに詳しい実験方法(Biobrickからerror-prone PCRをおこなったことなど) ⑧得られたデーター(なぜ8000のライブラリを、200に絞り、どうやって13sampleを選び出したのか説明) 得られたLuxR mutantのcharacterization
⑨LuxR Mutant 個性確定実験の実験方法 Team:Chiba/Project/characterization
⑩100 nM培地での応答の遅れについての結果 約2h後に、WTとSample No.1,2,4,7,8,9,10,11から(++)、No.5,6から(+)の強度の蛍光を観察 4時間後、プレートのコロニーは全体的に2hで光ってないものもじわじわと光り出していました。
⑫LuxR Mutantの個性と、変位が入っている部分からの考察
通常速度=WT>4>2>1,7,8,9,10,11>5,6>L1,L2>3>遅い というものになります。 To draw more better picture
ここに結果の写真だけのせる。--Yoshimi 14:17, 20 October 2009 (UTC) 培地のよりよい条件を見つける 私たちはデモをよりはっきり見せるために必要な培地の条件を調べた。
私たちは、ReporterとしてGFPuv, sfGFP, mRFP, mCherry, mOrangeを使って上に挙げたものと同じ実験をした。
最もmutant LuxR間の光り始める時刻の差を確認しやすかった条件は、以下の通りであった。
medium : agar 5% thickness : 7 mm
この条件でデモをやれば、各mutant LuxRの個性(遅れ方の特徴)を最大限に活かすことができると考えた。 そうするとメリハリのあるきれいなアニメーションを描くことが出来るのではないか。 Demonstration⑯E. coli Timer完成デモ 明日の昼にはあげられます。--Yoshimi 14:21, 20 October 2009 (UTC) (⑰できればアニメ) Conclusions手術予定 18・Biobrickを使って(iGEM的には)新たな方法(error-prone PCR)を用い、新パーツをつくりました。
・何通り(ただいま確認中)のバリエーションの遅れを生み出せました。(Mutant+WT:4~5種、gel調節:2種、Reporters: 4通り・・・これらの組み合わせの分(タイミングがかぶるのは除く)だけ時間差をうみだせた!)
・demonstrationをおこないました。 ⑲ Future Works : Whisper down the lane
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