"
Team:KULeuven/8 July 2009
From 2009.igem.org
Contents |
Stand van zaken
Er zijn 2 projecten uitgewerkt en voorgesteld.
Het idee is om op vrijdag (10 juli om 12u45 in lokaal LAND 00.210.) een definitieve beslissing te maken welk project uit te voeren. Morgen (donderdag) wordt dan gebruikt om een oplossing te vinden voor de problemen/vraagstukken (uitdagingen?) in beide projecten. Hieronder een korte samenvatting van de stand van zaken en de vraagstukken van beide projecten.
Regel bacterie
Het principe is om een bacterie te creëeren die de concentratie van een bepaalde molecuul 'X' constant houd door middel van een dynamische evenwicht. Tegelijkertijd synthese en afbraak van deze molecule zorgt voor een evenwicht als 1 van de 2 afhankelijk is van de concentratie (zie presentatie). Dit evenwichtspunt kan dan ingesteld worden door gebruik te maken van een lichtsensor. De lichtintensiteit is dan evenredig met het evenwichtspunt.
Voor de lichtsensor hebben we een biobrick gevonden plus een paper uit nature waarin de lichtintensiteit gerelateerd werd aan de expressie van een 'black output'
- [http://partsregistry.org/Part:BBa_S03417 BBa_S03417]
- [http://partsregistry.org/wiki/index.php/Part:BBa_M30109 BBa_M30109]
- [http://www.nature.com/nature/journal/v438/n7067/abs/nature04405.html Nature artikel van Levskaya]
Als voorbeeld is kort het principe van Leucine gekozen als te regelen factoor 'X' (zie presentatie). Leucine is een essentieel aminozuur voor eukaryote en zou daarom evt te regelen zijn (probleem, mensen met licht bestralen heel de dag is niet erg handig)
Presentatie van het project regel bacterie
probleem
Het concept heeft 2 problemen op het moment, namelijk
- Het huidige voorstel voor het dynamisch evenwicht zorgt niet voor een te controlleren evenwicht omdat externe synthese of afbraak een ander evenwicht veroorzaken en er daardoor schommelingen ontstaan die we juist tegen willen gaan
- oplossing, gebruik van een gewenste waarde afhankelijk van de lichtintensiteit waartegen de concentratie wordt vergeleken en wat bepaald hoeveel er wordt gesynthetiseerd of afgebroken. Dit moet alleen nog in het biologische systeem omgezet worden
- Vinden van de magische molecuul 'X' (in plaats van Leucine). Belangrijk is dan om te weten waar we het in gaan gebruiken (in een aquarium?) en wat de molecule voor nut toevoegd (voedingsstof/vitamine/etc..?). De eisen voor magisch molecuul 'X' zijn:
- Nut voor het systeem waar we het insteken (als op een andere manier de concentratie makkelijk te regelen is of de concentratie is niet interessant dan is het een nutteloze oplossing)
- actief te transporteren naar binnen EN buiten de cel
- Mogelijkheid is ook om de molecuul te modificeren tijdens het transport OF iets te transporteren (naar binnen de cel) wat evenredig is aan de concentratie van de molecuul 'X' buiten de cel.
- Mogelijkheid om te synthetiseren door de bacterie.
Vooral probleem 2 is een val of sta punt, help is appreciated ^^
