Team:KULeuven/Brainstorm

From 2009.igem.org

Revision as of 18:05, 20 May 2009 by Ingethijs (Talk | contribs)

Contents

Brainstorm

Dit is de brainstorm pagina van de wiki. Iedereen kan zijn/haar ideëen hier posten na het samenkomen per groepje. Je kan hier ook de data en uur van samenkomen zetten als je dat wil.

Voor meer ideëen check:

  • [http://www.youtube.com/watch?v=nKZ-GjSaqgo Craig Venter: On the verge of creating synthetic life (TED)]
  • [http://www.youtube.com/watch?v=TVfmUfr8VPA Bonnie Bassler: The secret, social lives of bacteria (TED)]

Dates

  • 12/5 - 14u: Karen, Didier and Bernard (Location: Bar LBK)
  • 11/5 - 12u: Maxim, Annelien en Katrien (location: Alma GHB)
  • 11/5 - 19u: Joren, Marian and Steven (Location: kot van Marian)
  • 14/5 - 8u30: Bart, Bart en Jochem (Locatie: Arenberg bib)

Ideas

Annelien, Maxime en Katrien

  • Onsterfelijke bacterie. Met evt toepassing als supplier van medicatie (bv om dagelijkse inspuiting overbodig te maken) of met bepaalde functie (bv onderdrukken hongergevoel bij obesitaspatiënten)
    • lijkt op Dr.Coli
    • deel van iGEM is pub voor synbio: nu reclame maken op een ander vlak
  • Bewaren van transplantorganen. Bacteries die de omgeving 'voelen' (temperatuur, pH,...) en die nabootsen om optimaal bv transplantorganen te bewaren
  • Rookfilter-bacterie. Bacterie die lucht in longen zuivert van alle schadelijke bestanddelen in tabakslucht, evt fijn stof ea
  • Bacterie ipv tandpasta zoals eerder beschreven (great minds think alike)
  • astma of hooikoorts: binding tussen allergeen en antilichaam opnemen en verwijderen - te laat, cascade al in gang
  • plaquevorming - aderverkalking

Karen, Didier en Bernard

  • Bacterie die kan helpen bij de bestrijding van Mucovisidose
    • kan problematische receptor niet verhelpen
  • De anticonceptie bacterie: leek ons het meest interessant wegens de verschillende componenten die nodig zouden zijn om zo een bacterie te kunnen maken
  • De rookstop bacterie: deze zou nicotine afgeven
  • De anti-tandpasta bacterie: bacteriën in plaats van tandpasta
  • kanker - gouden nanobolletjes tussen tumorcellen -> bestraling botst met bolletjes -> effectieve straling: bolletjes dichter bij DNA brengen via bacterie/virus - transportsysteem
    • via magnetotactic bacteria?
    • nu via antilichaam

Gevonden link voor bij de [http://www.nytimes.com/1993/11/02/science/birth-control-vaccine-uses-altered-salmonella-bacteria.html?sec=health&spon= anticonceptie bacteria].

Bart, Bart en Jochem

Tijdens onze brainstormsessie zijn een hele stapels ideëen naar voren gekomen, sommige zijn niet verder gekomen dan een idee en andere hadden al een hele vorm. Hieronder zijn zo de vier ideëen die we het meest interessant vonden neergezet plus alle informatie die we daarbij hadden gevonden of konden vinden en de ideëen erover. Daaronder hebben we de ideëen neergezet die minder interessant waren of waar we niet echt veel verder mee kwamen, maar misschien heeft iemand anders hier een idee voor. Alle ideëen zijn natuurlijk vrij aanpasbaar, als een idee van ons ervoor zorgt dat je een ander idee krijgt is dat natuurlijk alleen maar mooi ☺

Meest interessante ideëen

  1. Bacterie sensor Deze bacterie zou een aantal dingen kunnen meten zoals bijvoorbeeld suikerconcentratie en insulineconcentratie. Het doel is dan om deze informatie via een soort ‘thuisbasis’ door te kunnen sturen naar een pc of laptop. Op deze manier kan je continue meten wat de concentratie is in plaats van een momentopname met de huidige sensoren. Andere mogelijkheden zijn om deze informatie tijdelijk op te slaan in een geheugen en pas na een tijd te meten, denk bijvoorbeeld aan tijdsmetingen snachts.
    • via magnetiet productie? - Joris
  1. Game of life,Vorig jaar had de universiteit van Groningen het idee om conways game of life in het echt na te maken (https://2008.igem.org/Team:Groningen), dit is dan implementatie van een aantal vaste regels waaraan de bacterie gebonden is en dit laten ontwikkelen/afspelen. Ons idee heeft eenzelfde basis maar met een interactieve rol van mensen, het idee is om dan een echt spel hiervan te maken en commandos te geven aan de kolonie bacteriën. Zo zou je bijvoorbeeld kunnen besluiten dat de bacterie kolonie zich meer moet richten op delen, of misschien dat ze zich meer moeten richten op het synthetiseren van een bepaalde aanval proteïn om de bacterie van de tegenstander weg te jagen. Op deze manier wordt het meer entertainment dan een leuk wiskundig ideetje en is het dus echt een game of life. De informatie voor de commandos kunnen dan doorgestuurd worden dmv prikkels gecodeert als een chemische stof, antilichamen, licht van een bepaalde freuquentie, etc...
    • sigmastratego?
  1. Cancer cure Een kankercel is een ‘losgeslagen’ cel van de host. In plaats van de normale gang van zaken te volgen is het mechanisme dat het delen controlleert losgeslagen en deelt de cel erop los. In verschillende organen zijn hier verschillende mutaties voor nodig. Er is echter 1 enzyme wat bij elke kanker cel nodig is en in andere cellen bijna niet voorkomt (met uitzondering van een lage activiteit in sperma cellen/huid cellen of stamcellen), dit is telomerase. Aan het einde van de chromosome zit een reeks nutteloos dna, de telemoren, bij de replicatie van het DNA kan dit laatste stuk niet meegekopieëerd worden en wordt dit aangevuld door telomerase. Als een cel geen telomerase synthetiseert kan het zo een 30/50 keer delen voordat de telomeren te kort zijn en het delen stopt. Een kankercel kan eigenlijk eeuwig doorgaan. Het verhinderen van telemorase expressie (antisense RNA, siRNA) of het verhinderen van telemorase zelf (antilichamen etc..) zou dus kunnen helpen in het stoppen van kanker. Een mogelijk probleem hierbij is tijd voordat de kanker stopt met delen, een tumor is namelijk meestal pas groot genoeg voor detectie na zo een 80 delingen. Mogelijke oplossing zou een detectie/sensor bacterie kunnen zijn dat je eens in de zoveel tijd inneemt en telomerase activiteit meet, boven een bepaalde treshold (om geen sperma cellen of andere cellen te mollen) kan deze dan alarm slaan of de aanval openen of iets dergelijks. Meer info over kanker en telomerase:
    • [http://websites.afar.org/site/PageServer?pagename=IA_b_tel_19_role_cancer Info over telomerase]
    • [http://www.molecular-cancer.com/content/4/1/24 siRNA vs Telomerase inhibition]
    • [http://www.sciencedaily.com/releases/2008/08/080831151339.htm info over deel telomerase enzyme]
    • onder het motto "als je wil winnen bij iGEM moet je iets hebben tegen kanker"
    • hoe detecteer je de juiste cellen?
    • wat met sperma, stamcellen,...?
  1. Afbraak van polymeren er zijn veelgebruikte plastics die niet afgebroken kunnen worden. Het idee hier is het ontwikkelen van een bacterie die dit soort polymeren kan afbreken, of door conversie van lichtenergie of energie uit de afbraak van de verschillende bonds. Meer info:
    • [http://gupea.ub.gu.se/dspace/bitstream/2077/15667/1/gupea_2077_15667_1.pdf afbraak van polymeren]
    • [http://www.ecoloblue.com/files/Polymer%20Degradation%20and%20Stability.pdf biodegradable polyethylene]
    • [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TXS-4GP7P92-2&_user=877992&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000047079&_version=1&_urlVersion=0&_userid=877992&md5=a2426100a304cace2fdee29bf912d2bc microbial biodegradability of PET]

Andere ideëen:

  1. Bacterie die een structuur kan maken, denk aan Imperial college van vorig jaar: https://2008.igem.org/Team:Imperial_College , wat nu als er verschillende lichtintensiteit is of meerdere lagen willen deponeren
  2. Dynamische houdbaarheidssensor een sensor die meet wanneer de houdbaarheids datum overschreden wordt (meting) of die hier iets aan kan doen (actieve bacterie)
  3. E-ink het synthetiseren van een bepaalde proteïn afhankelijk van een spanningen, De ene spanning resulteert in de ene proteïn en de tweede in een andere. Op die manier kan je een e-ink effect krijgen (met witte en zwarte deeltjes)
    • [http://electronics.howstuffworks.com/e-ink.htm meer info over e-ink]
    • [http://dsc.discovery.com/news/2009/05/12/cuttlefish-tv-screen.html Meer info over dieren met die mogelijkheid]
  4. Biofuel producing bacteria Een bacterie die octaan/methaan/ petroleum of waterstof synthetiseert uit andere basisstoffen. Eventueel door gebruik van photsynthese of afbraak van andere stoffen voor energie. Meer info zie:
    • [http://www.sciencedaily.com/releases/2008/07/080716204805.htm Fuel form food waste, bacteria power]
    • [http://www.sciencedaily.com/releases/2008/08/080825195852.htm Hydrogen producing bacteria]
    • [http://openwetware.org/wiki/Biology_of_Hydrogen_Production Biology of hydrogen production]
  5. Biologische computer/ binair rekenen met bacteriëen
  6. Sneller vaccin tegen griep
  7. Evolving defense system against harmfull bacteria
  8. Bacteriëen tegen mucoviscidose (of tegen besmetting of voor het leveren van chloor pompen)
    • [http://www.sciencedaily.com/releases/2008/09/080922174634.htm Lung infection]
    • [http://www.sciencedaily.com/releases/2008/08/080828093347.htm Engineered proteins bypass genetic defect]

Steven, Marian en Joren

  • Eco-saver: Het idee van een bacterie die overschotten aan mineralen kan capteren en vastleggen verder uitgewerkt. We zouden gebruik maken van een fusieproteïne met aggregaatstaarten aan een Lysine en Arginine rijk proteïne vastgemaakt. Op die manier kan een overtollige hoeveelheid stikstof in oplossingen worden vermeden.
  • Sfeerbacteriën: Zouden door middel van een trigger een bepaalde kleur van licht kunnen uitzenden (door middel van luciferase), en tegelijkertijd een geur produceren door middel van ester-productie. (Heel kitch, maar wel cool)
  • Jezus-bacterie: zorgt niet voor vrede op aarde, maar kan wel water omzetten in wijn. Misschien beginnen met suikerwater en deze laten opzetten in grenadine of een ander rood drankje.
  • Tandenpoets bacterie: stopt de biofilm vorming op de tanden en geeft tegelijkertijd een lekker munt geurtje af. Heel gelijkend op wat anderen al hadden + een geurtje.
  • licht of kleur vormende bacteriën die druk kunnen waarnemen. Wanneer je dan met je hand op een plaat zou duwen, komt er een patroon tevoorschijn.
Retrieved from "http://2009.igem.org/Team:KULeuven/Brainstorm"