Team:Chiba/Project
From 2009.igem.org
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*error-proneを用いて新パーツを作ったことではなく,そのスクリーニング法(AHL濃度が徐々に大きくなっていくとき,遅れて光る変異体をpick)が新しいと主張していたのではないでしょうか。--[[User:Masahiro|Masahiro]] 15:24, 20 October 2009 (UTC) | *error-proneを用いて新パーツを作ったことではなく,そのスクリーニング法(AHL濃度が徐々に大きくなっていくとき,遅れて光る変異体をpick)が新しいと主張していたのではないでしょうか。--[[User:Masahiro|Masahiro]] 15:24, 20 October 2009 (UTC) | ||
+ | *まあどっちも些末ですが......................!(ep-PCRはランダム化のひとつの手法です&スクリーニング法は「新しい」と主張するのは変;そしたら何をやっても新しくなっちゃう;「工夫した」「ウリです」的なノリなら良いとおもうのだが)という理由で,書かない方が良い気がするんだけどなあ,でも私の頭もだいぶ真面目すぎるところがあるかもしれないので先生達とも要相談でいきましょう。--[[User:Maiko|Maiko]] 23:40, 20 October 2009 (UTC) | ||
+ | *あ,てか「最後のまとめ」として書くにはだいぶインパクトにかけるなあと思ったのですが,そうではなくて,「達成した事」として箇条書き的に色々書くうちの1つであるならば(毎年「〜個のパーツ化に成功」とか書くノリ)別に良いんじゃないかなと思います,ごめんそーいうことだったのでしょうか?でしたら私の勘違いです。書くと良いとおもいます。--[[User:Maiko|Maiko]] 23:40, 20 October 2009 (UTC) | ||
・何通り(ただいま確認中)のバリエーションの遅れを生み出せました。(Mutant+WT:4~5種、gel調節:2種、Reporters: 4通り・・・これらの組み合わせの分(タイミングがかぶるのは除く)だけ時間差をうみだせた!) | ・何通り(ただいま確認中)のバリエーションの遅れを生み出せました。(Mutant+WT:4~5種、gel調節:2種、Reporters: 4通り・・・これらの組み合わせの分(タイミングがかぶるのは除く)だけ時間差をうみだせた!) | ||
*LuxR以外の時間差は出さない方が良いです:転写だとかフォールディングだとかマチュレーションで時間差でるなら何故luxR変異体つくったのだという話になる:transcription activatorで差が出せたことをいうべし(ていうかそれが目的なのであり,何でもかんでも時間差が出したいというわけじゃない,よね,たしか)--[[User:Maiko|Maiko]] 14:47, 20 October 2009 (UTC) | *LuxR以外の時間差は出さない方が良いです:転写だとかフォールディングだとかマチュレーションで時間差でるなら何故luxR変異体つくったのだという話になる:transcription activatorで差が出せたことをいうべし(ていうかそれが目的なのであり,何でもかんでも時間差が出したいというわけじゃない,よね,たしか)--[[User:Maiko|Maiko]] 14:47, 20 October 2009 (UTC) | ||
*何でもかんでも時間差が出したい,という結論だったと思います(先日の梅ミーティングでは)。--[[User:Masahiro|Masahiro]] 15:30, 20 October 2009 (UTC) | *何でもかんでも時間差が出したい,という結論だったと思います(先日の梅ミーティングでは)。--[[User:Masahiro|Masahiro]] 15:30, 20 October 2009 (UTC) | ||
+ | *それはデモでいい絵をみせるため...結論としちゃいかんでしょう--[[User:Maiko|Maiko]] 23:40, 20 October 2009 (UTC) | ||
・demonstrationをおこないました。 | ・demonstrationをおこないました。 |
Revision as of 23:40, 20 October 2009
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IntroductionMaking a "bacterial timer"!
(手術予定)
そして、昨年は2段階の通信しか創れなかった。バリエーションが乏しい。
Project Design(手術予定) 2) Project Design ⑤Receiver側のAHL通信の仕組みを図説する。(1,AHLが入るところ(培地調節) 2,Receiver中のLuxR 3,Receiver中のReporter)
Experiments, Results & DiscussionLuxR mutantづくり
Experiments
(手術予定) ⑥Mutantを創る。(Error-proneが良い理由:バリエーションを創りやすい。新たなBiobrick作成方法としてError-prone PCRとスクリーニングをセットにしMutant-Partsの作り方を説明する。) ⑦さらに詳しい実験方法(Biobrickからerror-prone PCRをおこなったことなど) ⑧得られたデーター(なぜ8000のライブラリを、200に絞り、どうやって13sampleを選び出したのか説明) 得られたLuxR mutantのcharacterization
⑨LuxR Mutant 個性確定実験の実験方法 Team:Chiba/Project/characterization
⑩100 nM培地での応答の遅れについての結果 約2h後に、WTとSample No.1,2,4,7,8,9,10,11から(++)、No.5,6から(+)の強度の蛍光を観察 4時間後、プレートのコロニーは全体的に2hで光ってないものもじわじわと光り出していました。
⑫LuxR Mutantの個性と、変位が入っている部分からの考察
通常速度=WT>4>2>1,7,8,9,10,11>5,6>L1,L2>3>遅い というものになります。 To draw more better picture
ここに結果の写真だけのせる。--Yoshimi 14:17, 20 October 2009 (UTC) 培地のよりよい条件を見つける 私たちはデモをよりはっきり見せるために必要な培地の条件を調べた。
私たちは、ReporterとしてGFPuv, sfGFP, mRFP, mCherry, mOrangeを使って上に挙げたものと同じ実験をした。
最もmutant LuxR間の光り始める時刻の差を確認しやすかった条件は、以下の通りであった。
medium : agar 5% thickness : 7 mm
この条件でデモをやれば、各mutant LuxRの個性(遅れ方の特徴)を最大限に活かすことができると考えた。 そうするとメリハリのあるきれいなアニメーションを描くことが出来るのではないか。 Demonstration⑯E. coli Timer完成デモ 明日の昼にはあげられます。--Yoshimi 14:21, 20 October 2009 (UTC) (⑰できればアニメ) Conclusions手術予定 18・Biobrickを使って(iGEM的には)新たな方法(error-prone PCR)を用い、新パーツをつくりました。
・何通り(ただいま確認中)のバリエーションの遅れを生み出せました。(Mutant+WT:4~5種、gel調節:2種、Reporters: 4通り・・・これらの組み合わせの分(タイミングがかぶるのは除く)だけ時間差をうみだせた!)
・demonstrationをおこないました。 ⑲ Future Works : Whisper down the lane
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