Team:Groningen/Project

From 2009.igem.org

(Difference between revisions)
Line 5: Line 5:
*[[Team:Groningen/Project/Accumulation|Metal accumulation]]
*[[Team:Groningen/Project/Accumulation|Metal accumulation]]
-
[[Image:Gasvesicle.jpg|200px|thumb|left|Gas Vesicles]]
+
[[Image:Gasvesicle.jpg|200px|thumb|Gas Vesicles]]
-
[[Image:Metaltransport.jpg|200px|thumb|left|Metal transport]]
+
[[Image:Metaltransport.jpg|200px|thumb|Metal transport]]
-
[[Image:Metal_detector.jpg|200px|thumb|left|Metal sensing]]
+
[[Image:Metal_detector.jpg|200px|thumb|Metal sensing]]
-
[[Image:Metal_storage.jpg|200px|thumb|left|Metal storage]]
+
[[Image:Metal_storage.jpg|200px|thumb|Metal storage]]
 +
 
 +
Planning and requirements:
 +
* Gasvesicle:
 +
**Modeleren:
 +
*** Drijfvermogen
 +
**** Permeability
 +
**** Hoeveelheid gasvesicles
 +
**** Waar komen ze terecht, in hoogte.
 +
*** Massa van bacterien (e.coli)
 +
*** Hoe lang het duurt voordat het gaat drijven
 +
**** Hoe lang het duurt totdat het tot expressie gebracht wordt
 +
**** Hoe lang het duurt totdat er genoeg gasvesicles zijn
 +
**** Hoe lang het blijft drijven
 +
** Lab
 +
*** GvP
 +
**** Cluster van biobricks
 +
**** Vector besteld van artikel
 +
**** Eerst tot expressie met constutatieve promotor, later pas met metal sensitive promotor
 +
*** Meten
 +
**** Waar zitten de bacterien, wat zijn bac concentraties op een bepaalde hoogte
 +
***** Foto’s maken op bepaalde hoogtes en dan vergelijken met standaard concentratie foto’s
 +
* Metal importers
 +
** Modeleren
 +
*** Import snelheid
 +
*** Hoeveelheid
 +
*** Max
 +
** Lab
 +
*** HmtA
 +
**** Zn/Cu alleen
 +
**** B-type ATPase (evt. Toepassing ATP tekort?)
 +
*** CitM
 +
**** Divalente ionen
 +
**** Zit citraat omheen
 +
**** Citraat kan metalen binden die gebonden zijn.
 +
*** Meten
 +
**** Transporter, aan/uit mechanisme, tot welke concentratie metaal neemt het metaal op.
 +
**** Concentratie metaal meten. Verschil begin en eind metaal concentratie buiten de cel meten.
 +
* Promotors
 +
** Modeleren
 +
*** hoe reageren ze op een metaal, concentratie metaal tov expressie achterliggend eiwit (bv GFP)
 +
** Lab
 +
*** Meten
 +
**** Expressie van gen achter promotor (GFP)
 +
*** Cu-promotor
 +
*** Arc promotor
 +
* Accumulatie
 +
** Modelleren
 +
*** Snelheid
 +
*** Concentratie metaaliotheines
 +
** Lab
 +
*** Meten
 +
***** Accumulatie meten. Door buitenconcentrati voor/na van metaal bij bac met en zonder accumulatie eiwitten te meten.
 +
*** Biobrick Bba_K129004
 +
*** Rest
 +
 
 +
 
 +
 
 +
Order of action
 +
# Drijven
 +
# Metaal importeren
 +
# Accumulatie
 +
# Metal sensitive promotor

Revision as of 20:23, 9 June 2009

[http://2009.igem.org/Team:Groningen http://2009.igem.org/wiki/images/f/f1/Igemhomelogo.png]
The Project
Gas Vesicles
Metal transport
Metal sensing
Metal storage

Planning and requirements:

  • Gasvesicle:
    • Modeleren:
      • Drijfvermogen
        • Permeability
        • Hoeveelheid gasvesicles
        • Waar komen ze terecht, in hoogte.
      • Massa van bacterien (e.coli)
      • Hoe lang het duurt voordat het gaat drijven
        • Hoe lang het duurt totdat het tot expressie gebracht wordt
        • Hoe lang het duurt totdat er genoeg gasvesicles zijn
        • Hoe lang het blijft drijven
    • Lab
      • GvP
        • Cluster van biobricks
        • Vector besteld van artikel
        • Eerst tot expressie met constutatieve promotor, later pas met metal sensitive promotor
      • Meten
        • Waar zitten de bacterien, wat zijn bac concentraties op een bepaalde hoogte
          • Foto’s maken op bepaalde hoogtes en dan vergelijken met standaard concentratie foto’s
  • Metal importers
    • Modeleren
      • Import snelheid
      • Hoeveelheid
      • Max
    • Lab
      • HmtA
        • Zn/Cu alleen
        • B-type ATPase (evt. Toepassing ATP tekort?)
      • CitM
        • Divalente ionen
        • Zit citraat omheen
        • Citraat kan metalen binden die gebonden zijn.
      • Meten
        • Transporter, aan/uit mechanisme, tot welke concentratie metaal neemt het metaal op.
        • Concentratie metaal meten. Verschil begin en eind metaal concentratie buiten de cel meten.
  • Promotors
    • Modeleren
      • hoe reageren ze op een metaal, concentratie metaal tov expressie achterliggend eiwit (bv GFP)
    • Lab
      • Meten
        • Expressie van gen achter promotor (GFP)
      • Cu-promotor
      • Arc promotor
  • Accumulatie
    • Modelleren
      • Snelheid
      • Concentratie metaaliotheines
    • Lab
      • Meten
          • Accumulatie meten. Door buitenconcentrati voor/na van metaal bij bac met en zonder accumulatie eiwitten te meten.
      • Biobrick Bba_K129004
      • Rest


Order of action

  1. Drijven
  2. Metaal importeren
  3. Accumulatie
  4. Metal sensitive promotor