"
Team:Groningen/Modelling/Characterization
From 2009.igem.org
(Difference between revisions)
| Line 151: | Line 151: | ||
// Go through all experiments | // Go through all experiments | ||
| - | var cost | + | var cost = 0, x0, xt, times; |
for(var i in e) { | for(var i in e) { | ||
// Set up constants for this experiment | // Set up constants for this experiment | ||
| Line 163: | Line 163: | ||
// Sum (squares of) errors, divided by the average value | // Sum (squares of) errors, divided by the average value | ||
| - | var avgv = 0; | + | var avgv = 0, curcost = 0; |
for(var j in e[i].AsinT) avgv += e[i].AsinT[j]; | for(var j in e[i].AsinT) avgv += e[i].AsinT[j]; | ||
avgv /= e[i].AsinT.length; | avgv /= e[i].AsinT.length; | ||
for(var j in xt.timeKey) { | for(var j in xt.timeKey) { | ||
| - | + | curcost += Math.pow((e[i].AsinT[j]-xt.AsinT[xt.timeKey[j]])/avgv,2); | |
| - | + | ||
} | } | ||
| + | cost += Math.sqrt(curcost/xt.timeKey.length); // Compute the square root of the average of the squares (RMS) | ||
} | } | ||
| - | return | + | return cost/e.length; // Take the average of the RMS values for all graphs, making it "easier" to disregard certain experiments in favour of the rest. |
} | } | ||
Revision as of 08:12, 2 October 2009
[http://2009.igem.org/Team:Groningen http://2009.igem.org/wiki/images/f/f1/Igemhomelogo.png]
|
|
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
- Modelling
- DetailedModel
- Characterization
- Downloads
TODO: Talk about the devices we have and in what way we want to characterize them.
Uptake measurements
| Time (min) | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 0 | 10 | 20 | 40 | 60 | ||
| As(III)exT(0) (µM) | 0 | x | ||||
| 10 | x | x | x | x | x | |
| 20 | x | |||||
| 50 | x | |||||
| 100 | x | |||||
To efficiently look at both time and concentration dependent processes we took samples as in the table on the right. Below we list all results, which have been used for fitting all necessary parameters.
TODO: List results. Take conversion from nmol/mg and mg/ml to µM and Vc/Vs into account.
| best | cur | gradient | solved | |
|---|---|---|---|---|
| v5/K5 | ||||
| v5 | ||||
| K5 | ||||
| k8/K7 | ||||
| k8 | ||||
| K7 | ||||
| tauBbeta4 | ||||
| tauB | ||||
| beta4 | ||||
| E |
Retrieved from "http://2009.igem.org/Team:Groningen/Modelling/Characterization"
