Team:SupBiotech-Paris/BiobricksFr

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BioBricks	Description
B0014 + J23100	Cette BioBrick contient un double terminateur et un promoteur procaryote constitutif. C’est un promoteur simple qui a pour but d’initier la transcription d’un gène. Pour l’équipe Sup’biotech-Paris (2009) cette BioBrick est utilisée ajoutée à un phage Lambda recombinant. Elle va initier la transcription des gènes synthétiques contenus dans le génome du phage Lambda.
B0014 + J23100 + B0030	Cette BioBrick contient un double terminateur, un promoteur procaryote constitutif et un fort site de fixation du ribosome (RBS) (BBa_B0014 + BBa_J23100 + BBa_B0030). C’est un promoteur simple qui a pour but de d’initier la transcription d’un gène. Pour l’équipe Sup’biotech-Paris (2009) cette BioBrick est utilisée ajoutée à un phage Lambda recombinant. Elle va initier la transcription des gènes synthétiques contenus dans le génome du phage Lambda.
R0010 + B0030	Cette BioBrick contient le promoteur pLac et un site de fixation du ribosome (RBS) (BBa_R0010 + BBa_B0030). Le promoteur Lac est constitutivement actif, mais il peut être réprimé par le répresseur Lac I de E.coli. Ce promoteur est très utile pour contrôler l’expression d’un gène en l’inactivant avec le répresseur LacI. Lorsque LacI est absent le gène est exprimé, et en présence de LacI, pLac est inhibé. Cette BioBrick est donc adéquate pour l’expression de gènes contrôlés par inactivation de pLac avec LacI. Cette BioBrick peut être utilisée pour contrôler un mécanisme de rétrocontrôle qui induit le cycle lytique du phage Lambda (Link plasmide Wiki). Dans E.coli, pLac fait partie de l’opéron lactose. LacI est constamment exprimé et réprime pLac. En présence de Lactose, LacI est inhibé et pLac est actif et permet la transcription de beta-galactosidase. Le Lactose peut être substitué par IPTG (Isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside). Cette BioBrick contient déjà un fort RBS pour induire directement la transcription d’un gène.
P1003 + B0014	Cette BioBrick contient une cassette de résistance à la kanamycine et un double terminateur (BBa_P1003 + BBa_B0014). Ce qui permet à la cassette kanamycine d’être fonctionnelle. La cassette peut être utilisée pour créer un vecteur recombinant par insertion d’un gène dans un bactériophage non lytique comme le phage Lambda. En fait, il permet de savoir si le bactériophage est modifié ou non et si l’insert est exprimé ou non. Lorsque le virus est modifié, la cassette kanamycine induit une résistance à la kanamycine, donc la bactérie devient résistante. Lorsqu’elles ne sont pas modifiées les bactéries sont tuées par la kanamycine. Cette BioBrick est complétée par B0014 + P1003 + B0014 pour finir la transcription avant la cassette de résistance.
B0014 + P1003 + B0014	Cette BioBrick contient un double terminateur et une cassette de résistance à la kanamycine fonctionnelle (promoteur, résistance à la kanamycine et un double terminateur). Construire un vecteur recombinant par insertion de gène dans un bactériophage non lytique comme le phage Lambda est fiable. En fait il permet de savoir si un bactériophage est modifié ou non et si l’insert est exprimé ou non. Lorsque le virus est modifié, la cassette de kanamycine induit une résistance à la kanamycine, donc la bactérie devient résistante et lorsque le virus n’est pas modifié, les bactéries sont tuées par la kanamycine. Cette BioBrick peut être utilisée comme un reporter ou comme une simple cassette de résistance. Le double terminateur permet l’arrêt de la translation d’ARN avant la cassette de résistance, donc c’est déjà créé pour insérer un gène codant avec son RBS avant la cassette de résistance.
C0012 + B0014	Cette BioBrick contient un répresseur LacI et un terminateur (BBa_C0012 + BBa_B0014). Le répresseur LacI réprime le promoteur pLac de l’opéron lactose d’E.coli. Donc le répresseur de LacI est très fiable pour contrôler l’expression d’un gène en utilisant un promoteur pLac. En fait quand LacI n’est pas exprimé, pLac est activé, et quand il y a expression de LacI, pLac est inhibé. Un système pour induire la transcription de LacI peut facilement être créé et cré un mécanisme de rétrocontrôle pour l’inhibition de pLac. Histoire: Dans E.coli, pLac fait partie de l’opéron lactose. LacI est constamment exprimé et réprime pLac. En présence de Lactose, LacI est inhibé et pLac est actif et permet la transcription de beta-galactosidase. Le lactose peut être substitué par IPTG (Isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside).
B0030 + C0012 + B0014	Cette BioBrick contient un fort site de fixation de ribosome (RBS), le répresseur LacI et un double terminateur (BBa_B0030 + BBa_C0012 + BBa_B0014). Cette BioBrick vient de BBa_K292005. Le répresseur LacI réprime le promoteur pLac de l’opéron lactose d’E.coli. Donc le répresseur LacI et cette BioBrick sont très fiables pour le contrôle de l’expression d’un gène en utilisant le promoteur pLac. En fait quand LacI n’est pas exprimé, pLac est activé, et quand LacI est exprimé, pLac est inhibé. Un système induisant la transcription de LacI peut facilement être créé en utilisant un autre opéron comme l’opéron tétracycline et cré un mécanisme de rétrocontrôle pour l’inhibition de pLac et donc pour l’inhibition de l’expression d’un gène. LacI (BBa_K292006) contient déjà un fort RBS et un double terminateur, donc cette BioBrick est prête à l’emploi! Histoire: Dans E.coli, pLac fait partie de l’opéron lactose. LacI est constamment exprimé et réprime pLac. En présence de Lactose, LacI est inhibé et pLac est actif et permet la transcription de beta-galactosidase. Le lactose peut être substitué par IPTG (Isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside).
BBa_I712669 + BBa_B0014	Cette BioBrick contient une green fluorescence protein (GFP) sous-contrôle d’un promoteur CMV et un double terminateur (BBa_I712669 + BBa_B0014). Cette BioBrick peut être utilisée pour savoir si un gène est inséré dans une cellule eucaryote. Elle peut être utilisée par exemple pour créer un virus recombinant. En fait nous avons inséré cette BioBrick dans un virus synthétique, elle nous a permis de voir si le virus pouvait infecter les cellules cibles. Cette BioBrick contient déjà un terminateur, donc elle prête à l’emploi.
BBa_K292008	Cette BioBrick contient une séquence d’adressage nucléaire SV40 (DTS). Elle peut être utilisée pour augmenter l’efficacité du taux de transfection du gène. Les plasmides atteignent rarement le noyau s’ils n’ont pas de mécanisme d’incorporation nucléaire. Des études ont été menées sur l’utilisation de séquences pour l’importation nucléaire de séquences génétiques : les séquences DTS (DNA Nuclear Targeting Sequence). Cette BioBrick est capable de jouer ce rôle. Cette séquence, connue pour avoir la capacité de fixer 10 facteurs de transcription différents, assure le transport de l’ADN jusqu’au noyau. Ajoutée au plasmide thérapeutique, cette séquence permet l’entrée et l’expression du plasmide thérapeutique dans le noyau de la cellule cible.
Bba_K292009	Cette BioBrick contient un gène codant pour un Stem cell factor (SCF) ou c-kit-ligand. Stem cell factor (SCF) est un facteur de croissance stimulant la survie, la prolifération et la différentiation de cellules hématopoïétiques. C’est aussi un marqueur spécifique des cellules souches. Quand il se fixe à c-kit, le c-kit ligand induit une dimérisation du c-kit et la particule d’encapsidation. Donc c’est un ligand efficace pour transfecter un gène dans les cellules souches.
BBa_K292010	Cette BioBrick contient la protéine D provenant du phage Lambda. Le phage lambda sauvage possède la protéine D sur sa capside, qui est responsable de la stabilité de toute la capside. La protéine D est exposée sur toute la surface de la capside, elle est la candidate idéale pour être fusionnée à une protéine d’internalisation cellulaire. La protéine D est organisée en trimère. Chaque monomère est distant de 5,1nm. La structure cristallographique de la protéine D, comme toute forme trimérique, montre que les extrémités Nter et Cter, sont exposées à la surface de la capside, et sont très proches les unes des autres. Les extrémités Nter et Cter, sont exposées à la surface de la capside mature ce qui donne le choix pour la localisation de la protéine de fusion (Nter ou Cter). Cependant, plusieurs études ont montrées la protéine de fusion en Cter donne de meilleurs résultats. Donc la protéine D peut être utilisée pour créer une protéine de fusion. La protéine d’internalisation, appelée polypeptide III, est issue d’une base de penton d’adénovirus. Elle peut être utilisée pour créer un phage Lambda recombinant capable d’infecter des cellules eucaryotes. Cette séquence vient du génome ADN du phage Lambda. Il a été amplifié par PCR et introduite dans un plasmide qui vient de la registry. Nous avons quelques problèmes pour trouver les meilleures températures d’hybridation des amorces. Et nous avons procédé à de nombreux essais pour l’introduire dans un plasmide.

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