"
Team:Paris/30 June 2009
From 2009.igem.org
(Difference between revisions)
(New page: {{Template:Paris2009}} {{Template:Paris2009_menu}} ==NoteBook== {| style="color:#1b2c8a;background-color:#0;" cellpadding="0" cellspacing="1" border="0" bordercolor="#fff" width="100%" a...) |
Christophe.R (Talk | contribs) (→NoteBook) |
||
| (7 intermediate revisions not shown) | |||
| Line 4: | Line 4: | ||
==NoteBook== | ==NoteBook== | ||
| - | { | + | {{Paris2009_Calendar}} |
| - | + | <center> '''June 30th''' </center> | |
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | + | ||
<html> | <html> | ||
| Line 19: | Line 14: | ||
</html> | </html> | ||
| - | ==Summary== | + | ===Summary=== |
| + | |||
| + | Find a copy and the rest of the brainstorming session in the [https://2009.igem.org/Team:Paris/Brainstorm Brainstorm section] | ||
| + | |||
| + | |||
| + | Compte rendu du Mardi 30 juin. | ||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
Proposition d'une autre méthode pour l'isolement de vésicules: Gradient de sucrose avec congélation/décongélation | Proposition d'une autre méthode pour l'isolement de vésicules: Gradient de sucrose avec congélation/décongélation | ||
| - | Minicell | + | ====Minicell==== |
| - | Les mutants minC/D donnent des divisions aberrantes, donnant des minicell qui sont l'extrémité de la bactérie. | + | *Les mutants minC/D donnent des divisions aberrantes, donnant des minicell qui sont l'extrémité de la bactérie. |
| - | Pas de matériel génétique dans les minicell. On peut cibler des protéines vers le pôle ce qui permettrai d'enrichir les minicell. | + | *Pas de matériel génétique dans les minicell. On peut cibler des protéines vers le pôle ce qui permettrai d'enrichir les minicell. |
| - | Les minicell sont facilement purifiable en utilisant un gradient | + | *Les minicell sont facilement purifiable en utilisant un gradient |
| - | Taille de l'ordre d' 1µm | + | *Taille de l'ordre d' 1µm |
=>On pourrait essayer d'avoir les deux systèmes (minicell et vésicules en même temps) | =>On pourrait essayer d'avoir les deux systèmes (minicell et vésicules en même temps) | ||
| - | On n'a pas voulu nous fournir le plasmide codant pour ClyA-GFP | + | On n'a pas voulu nous fournir le plasmide codant pour ClyA-GFP <br> |
| - | =>on peut le cloner nous même vu qu'on a déjà des plasmides GFP près pour faire des fusions | + | =>on peut le cloner nous même vu qu'on a déjà des plasmides GFP près pour faire des fusions<br> |
| - | => Il faudrait trouver un homologue ClyA dans d'autre espèces et l'utiliser pour que ca soit original | + | => Il faudrait trouver un homologue ClyA dans d'autre espèces et l'utiliser pour que ca soit original<br> |
| - | La fusion protéine - OmpA via un linker permet d'amener cette protéine à la membrane. | + | <br><br> |
| + | |||
| + | La fusion protéine - OmpA via un linker permet d'amener cette protéine à la membrane.<br> | ||
voir en biobrick si on a OmpA-GFP | voir en biobrick si on a OmpA-GFP | ||
| + | <br><br> | ||
Le peptide signal tat permet d'exporter vers le périplasme une protéine, qui par la suite va se retrouver dans les vésicules. L'avantage est que cela permet d'exporter une protéine déjà repliée dans sa conformation structurelle finale, alors que le système sec exporte sans que ca soit forcement bien replié. | Le peptide signal tat permet d'exporter vers le périplasme une protéine, qui par la suite va se retrouver dans les vésicules. L'avantage est que cela permet d'exporter une protéine déjà repliée dans sa conformation structurelle finale, alors que le système sec exporte sans que ca soit forcement bien replié. | ||
| - | => Regarder la biblio concernant une polarité de l'émission de vésicules | + | <br><br> |
| - | => Regarder comment faire pour augmenter les protéines membranaires (afin d'éviter la lyse) | + | |
| + | => Regarder la biblio concernant une polarité de l'émission de vésicules<br> | ||
| + | => Regarder comment faire pour augmenter les protéines membranaires (afin d'éviter la lyse)<br> | ||
=> Voir s'il y a des SNARE procaryotes (Ariel connait des labos) | => Voir s'il y a des SNARE procaryotes (Ariel connait des labos) | ||
| - | Concernant la g3p, comme elle se fixe sur les piliF (bactérie mâle), l'utilisation de bactéries sans le facteur F (femelle) permettrait d'éviter une fusion sur la bactérie donneuse et de spécifier les vesicules vers une bactérie receveuse F+ | + | <br><br> |
| - | => Vérifier qu'on a bien une présentation à la membrane externe lorsque l'on exprime g3p seul | + | |
| + | Concernant la g3p, comme elle se fixe sur les piliF (bactérie mâle), l'utilisation de bactéries sans le facteur F (femelle) permettrait d'éviter une fusion sur la bactérie donneuse et de spécifier les vesicules vers une bactérie receveuse F+<br> | ||
| + | => Vérifier qu'on a bien une présentation à la membrane externe lorsque l'on exprime g3p seul<br> | ||
[Note de GuillaumeB: la référence de la biobrick est marquée au tableau, de même pour les biobricks proposé par François] | [Note de GuillaumeB: la référence de la biobrick est marquée au tableau, de même pour les biobricks proposé par François] | ||
| - | La g3p permettrai éventuellement de passer la membrane interne (à vérifier) | + | La g3p permettrai éventuellement de passer la membrane interne (à vérifier)<br> |
| - | => Voir si la biblio existe la dessus, ce qui permettrai de faire entrer une protéine directement dans le cytoplasme | + | => Voir si la biblio existe la dessus, ce qui permettrai de faire entrer une protéine directement dans le cytoplasme<br> |
=> Voir si l'export de l'ADN phagique dans le cytoplasme est dépendant de la pression ou non | => Voir si l'export de l'ADN phagique dans le cytoplasme est dépendant de la pression ou non | ||
| - | => Voir OmpA, flageline et phage pour un éventuel système ligand/récepteur | + | <br><br> |
| + | |||
| + | => Voir OmpA, flageline et phage pour un éventuel système ligand/récepteur<br> | ||
=> Voir si OmpA est essentiel ou pas (site de David) | => Voir si OmpA est essentiel ou pas (site de David) | ||
| - | => Pour la transduction du signal il faudrait regarder les biobricks, sachant que la quantité de produit livré est très petite, il faut donc un système qui peut être modifié par de très faible concentration protéique. | + | <br><br> |
| - | => Voir si cela peut être cytoplasmique ou périplasmique | + | |
| + | => Pour la transduction du signal il faudrait regarder les biobricks, sachant que la quantité de produit livré est très petite, il faut donc un système qui peut être modifié par de très faible concentration protéique.<br> | ||
| + | => Voir si cela peut être cytoplasmique ou périplasmique. | ||
| + | |||
| + | ====Groupe de biblio==== | ||
| + | |||
| + | *Augmentation de la production de LPS sur la membrane externe: Caroline, Christophe C, Lisa, Vicard | ||
| + | *Ciblage des cellules réceptrices (adhésine, fusion) : Pierre, Sylvain, Luc, GuillaumeB | ||
| + | *Transduction du signal (cf David B - Fer citrate) : Stoff, Romain, Charlotte, Soufiane | ||
| + | |||
| + | <br><br> | ||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
Demain 14h visite du labo (confirmez l'heure avec Christophe ou autre) | Demain 14h visite du labo (confirmez l'heure avec Christophe ou autre) | ||
| - | |||
Latest revision as of 15:12, 7 August 2009
Contents |
NoteBook
|
|
|
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Summary
Find a copy and the rest of the brainstorming session in the Brainstorm section
Compte rendu du Mardi 30 juin.
Proposition d'une autre méthode pour l'isolement de vésicules: Gradient de sucrose avec congélation/décongélation
Minicell
- Les mutants minC/D donnent des divisions aberrantes, donnant des minicell qui sont l'extrémité de la bactérie.
- Pas de matériel génétique dans les minicell. On peut cibler des protéines vers le pôle ce qui permettrai d'enrichir les minicell.
- Les minicell sont facilement purifiable en utilisant un gradient
- Taille de l'ordre d' 1µm
=>On pourrait essayer d'avoir les deux systèmes (minicell et vésicules en même temps)
On n'a pas voulu nous fournir le plasmide codant pour ClyA-GFP
=>on peut le cloner nous même vu qu'on a déjà des plasmides GFP près pour faire des fusions
=> Il faudrait trouver un homologue ClyA dans d'autre espèces et l'utiliser pour que ca soit original
La fusion protéine - OmpA via un linker permet d'amener cette protéine à la membrane.
voir en biobrick si on a OmpA-GFP
Le peptide signal tat permet d'exporter vers le périplasme une protéine, qui par la suite va se retrouver dans les vésicules. L'avantage est que cela permet d'exporter une protéine déjà repliée dans sa conformation structurelle finale, alors que le système sec exporte sans que ca soit forcement bien replié.
=> Regarder la biblio concernant une polarité de l'émission de vésicules
=> Regarder comment faire pour augmenter les protéines membranaires (afin d'éviter la lyse)
=> Voir s'il y a des SNARE procaryotes (Ariel connait des labos)
Concernant la g3p, comme elle se fixe sur les piliF (bactérie mâle), l'utilisation de bactéries sans le facteur F (femelle) permettrait d'éviter une fusion sur la bactérie donneuse et de spécifier les vesicules vers une bactérie receveuse F+
=> Vérifier qu'on a bien une présentation à la membrane externe lorsque l'on exprime g3p seul
[Note de GuillaumeB: la référence de la biobrick est marquée au tableau, de même pour les biobricks proposé par François]
La g3p permettrai éventuellement de passer la membrane interne (à vérifier)
=> Voir si la biblio existe la dessus, ce qui permettrai de faire entrer une protéine directement dans le cytoplasme
=> Voir si l'export de l'ADN phagique dans le cytoplasme est dépendant de la pression ou non
=> Voir OmpA, flageline et phage pour un éventuel système ligand/récepteur
=> Voir si OmpA est essentiel ou pas (site de David)
=> Pour la transduction du signal il faudrait regarder les biobricks, sachant que la quantité de produit livré est très petite, il faut donc un système qui peut être modifié par de très faible concentration protéique.
=> Voir si cela peut être cytoplasmique ou périplasmique.
Groupe de biblio
- Augmentation de la production de LPS sur la membrane externe: Caroline, Christophe C, Lisa, Vicard
- Ciblage des cellules réceptrices (adhésine, fusion) : Pierre, Sylvain, Luc, GuillaumeB
- Transduction du signal (cf David B - Fer citrate) : Stoff, Romain, Charlotte, Soufiane
