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Team:Paris/23 June 2009
From 2009.igem.org
NoteBook
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Summary
Find a copy and the rest of the brainstorming session in the Brainstorm section
Week end London:
Le site est le registryparts:
- Organisation par type de fonction ( promotteur, ribosome, domaine proteine etc) et liste de la base de données.
Par ex: les régions codants les protéines sont au nombre de 793.
- On a la longueur de la parts avec l ensemble des acides aminés la composant.
- Si on a une étoile dans l'" ADN available"( en haut à droite) , cela signifie que l'on notre part dans le kit 2009.
Il est intésressant de noter que dans l'analyse de séquence, on a la sequence reverse; par contre le site ne regroupe pas l'ensemble des biobrick, il faut les rechercher sur d'autres bases de données.
- Pour chaque biobrick: on a l'aspect physique, la partie design, experience. Pour avoir plus d'informations , il est impératif de se logger sur le site.
Chaque sequence est précédé d'un préfixe( E ,X), et suivi d'un suffixe( S P). Quand on digére les deux sequence avec des enzymes de restrictions sur les site E et X, on peut ensuite assembler et procéder à une ligation des deux parts.
Cette explication est le premier assemblage créer par un groupe IGEM.
Pour vérifier les compatibilités entre deux parts, on peut obtenir cette information dans la partie Tool de la sequences d'intérêt.
Pour plus d'information , on peut se référer à un document comprenant photos et protocoles. ( On peut le consulter dans la salle du CRI)
Les organisateurs de igem ont insisté sur un travail simple, sur quelques chose de réalisable et non magnifique sur le papier.
Il est important de ce mettre cette objectif en tête car le temps passe, et on ne recherche pas de nouvelle découverte, mais plutot insérer des connaissances dans le domaine d'ingénerie.
Pour chercher si on a l'accès un géne, et c'est un vrai gain de temps en tapant directement son simple nom. Il faut par contre faire attention au fait qu'il peut y avoir plusieurs noms , il faut vérifier si il s'agit du meme numéro enregistré dans la base de données.
Il va falloir découvrir par soi même le site , et l'utiliser le plus souvent pour se familiariser.
Pour le projet :
- Voie de création de bactérie. Tal pal systeme présenté par Charlotte , la semaine prochaine.
Production de bactérie.
- Nous devons faire une liste des bactéries qui produisent ces bactéries, mais l'ensemble est pathogène.
Bcp de laboratoire utilise pseudomonas aeruginosa PAO1.
- L'interet est de connaitre le mécanisme qui va produire les vésicules, mais il est peut etre plus interessant de savoir si il n' y a pas un mécanisme pour en produire plus selon Ariel.-> voir ce sujet sur le forum posté par Christophe et Vicard.
La constitution de OMVs permet l'obtention d'une première liste de protéines. Les mutants des protéines : OmpA et LppAB montrent une augmentation de MVs.
Tandis que tolB ,Tol A et Pal augmentent la concentration des vésicules sur les régions de division .
Les intéractions Pal/TolA sont régulées par 30 acides aminés en CT , sans ses 30AA on ne peut 'interagir avec TolA , ce résultats donne des vésicules plus grosses et plus abondantes dans les régions de division.
La deuxième question à résoudre était de savoir quoi mettre et comment mettre quelque chose dans la vésicule.
Un article interessant sur ClyA
Un mécanime permettant de lancer en parallèle deux plasmides(: un contenant l'inhibiteur luxR du tal pal et l'autre contenant le promotteur de lacI dans Cly A, permet la création de vésicule) grâce à un signal long et l'usage d'un filtre.
Comment quantifier réélement les vésicules?
Fusion des membranes:
F-pilus permet de fusionner les pilis de E coli avec la membrane extérieur.
Snare augmente considérablement les fusions, mais c est pas réélement étudié.
Réponse à un signal:
Utiliser des biocapteur déjà utilisé.
Usage d'autres projets Igem.
Nature biotech 2006 à creuser.
Francois:Zotero en ligne? Est il possible d' avoir un serveur en ligne?
La semaine prochaine: regrouper les bibliographies en taggant avec 3 mots clés, pour ensuite créér une base de données.
envoie de mail avec une date butoir pour l 'envoi des biblios de chaque membres!
idée:
Senseur de la B-lactamase si on envoyait de la b lactamase d'une vésicule à une autre.
Intégrer une b lactamase dans une vésicules afin d'envoyer une résistance à une deuxiéme vésicules.
Présence de membre de l'équipe dans la salle dès mercredi . mail collectif ou doodle pour une nouvelle réunion dans la semaine afin d'intensifier le travail!
Le serveur Opéra a été présenté pour transformer un ordinateur disponible à Igem comme serveur et travailler à distance.
