Team:Paris/Protocols

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== Protocols ==
== Protocols ==
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Here you will find the collection of protocole we use, or just collect. And because we are well-known chauvinist it is just a tribute to previous Paris iGEM team .
Here you will find the collection of protocole we use, or just collect. And because we are well-known chauvinist it is just a tribute to previous Paris iGEM team .
We try our best not to make it redondant.
We try our best not to make it redondant.
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===A. iGEM paris 2009 protocols link===
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====A.1. Our protocol====
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'''iGEM paris 2009 protocols link :'''
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<u>our protocol:</u>
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*[[Team:Paris/Protocols_Competent_Bacteria | Protocol to make competent bacteria]]
*[[Team:Paris/Protocols_Competent_Bacteria | Protocol to make competent bacteria]]
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*[[Team:Paris/Protocols_transformation | Protocol for bacterial transformation]]
*[[Team:Paris/Protocols_transformation | Protocol for bacterial transformation]]
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====A.2. iGEM paris 2008 protocols link====
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'''iGEM paris 2008 protocols link :'''
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[https://2008.igem.org/Team:Paris/Notebook/Protocols Click here]
[https://2008.igem.org/Team:Paris/Notebook/Protocols Click here]
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====A.3. iGEM paris 2007 protocols link====
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'''iGEM paris 2007 protocols link :'''
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[http://parts.mit.edu/igem07/index.php/Paris/PROTOCOLS Click here]
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*Fluorescent single cells visualisation
*Fluorescent single cells visualisation
*Digestion reactions
*Digestion reactions
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<div id="paris_content">
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== Protocols suggested ==
 
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Utilisation du microscope a fluo (à mettre en anglais et en plus beau)
 
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I: CULTURE DES BACTERIES
 
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<p>A : Culture de bactérie (choisir des couleurs différents (GFP+YFP pas compatible car jaune et vert trop proche)</p>
 
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<p>A  (bis): Coloration de la membrane des bactéries avec du DID si on veut se référer au protocole.</p>
 
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II: PREPARATION DE LA LAME  (au moins quelque heure à l'avance, ou le mieux c'est la veille: pour que la lame soit sèche, sinon les bactéries pataugent)
 
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<p>1: Nettoyer la lame de verre</p>
 
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<p>2: On colle la fenêtre dessus (carré ou rectangle bleu)</p>
 
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<p>3: Préparer le milieu s’il n'est encore fait : 1,5% Agarose+ le milieu (LB)</p>
 
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<p>4: Faire chauffer en microonde le milieu préparé</p>
 
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<p>5: 50 µL du milieu agarose, et le mettre au milieu du carré collé sur la lame.</p>
 
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<p>6: Superposer une deuxième lame par dessus, sans faire de bulle  en appuyant sur la bordure bleu du carré (et pas au milieu du carré (pendant 30 seconde)</p>
 
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<p>7: Mettre au frigo 10 minutes </p>
 
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III: PREPARATION DES CELLULES À OBSERVER
 
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<p>1-Resuspendre les bactéries prélevées dans un ependorff dans 1 ml de son milieu (LB)</p>
 
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<p>2-Vortexer pas trop sinon ça tue les cellules.</p>
 
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IV: PREPARATION DE LA LAME A OBSERVER
 
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<p>1: Ressortir la lame du frigo </p>
 
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<p>2: Enlever la lame du dessus (en la glissant)</p>
 
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<p>3: Couper l'agarose dépassant du carré</p>
 
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<p>4: Découper en plusieurs morceaux l'agarose, si on veut faire plusieurs observations différentes en même temps.</p>
 
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<p>5: Poser les cellules sur le gel d'agarose (environ 1 microlitre de la suspension cellulaire (pas de risque de débordement sur le gel))</p>
 
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<p>6: Sécher la lame en agitant dans l'air </p>
 
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<p>7: Poser une lamelle sur la lame (attention bulle poser la lame d’un côté et la laisser tomber)</p>
 
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V: OBSERVATION AU MICROSCOPE
 
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<p>1: Allumer l'ordinateur (s’il n’est pas allumé)</p>
 
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<p>2: Allumer les 4 switchs sur les étagères (de droite à gauche !!!!)</p>
 
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<p>3: Allumer sur la tranche du microscope le bouton vert</p>
 
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<p>4: Allumer le climatiseur (module tout en haut, pour maintenir la cage à 37°) (s’il n’est pas allumer)</p>
 
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<p>5: Lancer le logiciel MetaMorph</p>
 
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<p>6: Placer la lame sous le microscope dans l'emplacement réservé</p>
 
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<p>7: Manipuler le joystick pour mettre la lame en dessus de l'objectif</p>
 
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<p>8: Si on utilise le x100, mettre une goutte d'huile sur la lame.</p>
 
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<p>9: Mise au point:</p>
 
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_Choisir "Trans No Filter" (lumière blanche)</p>
 
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<p>10: Bouger la tirette pour avoir la vision caméra ou occulaire.</p>
 
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<p>11: Sélectionner l’onglet Acquire->Acquire->More</p>
 
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<p>12: Vérifier que la température de la caméra est à environ - 30°C (voyant vert quand tout se passe bien)</p>
 
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<p>13: Show live (pour voir ce qui se passe en direct à la caméra</p>
 
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Si aucune image ne se forme (vérifier que la tirette est tiré en position "écran")
 
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<p>14: Setting Modified (pour régler le temps d'exposition)</p>
 
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<p>Si " Trans No Filter" (au début): mettre "100 ms trans on"</p>
 
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<p>Si on utilise un filtre (CFP, GFP, etc...):mettre "1s fluo at"</p>
 
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<p>Mais si ce n’est pas encore très claire (le mettre "4s fluo at")</p>
 
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<p>Attention: On n’a pas tout les filtres (en particulier GFP)</p>
 
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<p>Si on veut utiliser le filtre RFP, il faut prendre le dernier et pas l'avant dernier</p>
 
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<p>15: Cliquer sur Acquire pour prendre la photo ou sur Show live pour la vision direct de la caméra</p>
 
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<p>16: Quand on a fini :
 
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<p>Remonter l'objectif</p>
 
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<p>Utiliser le joystick pour sortir la lame</p>
 
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<p>Sur l'objectif passer un coup de papier kodak (à celle mise en contact avec l'huile)</p>
 
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<p>Pour Eteindre, il faut attendre 30 minute pour le premier switch (en partant de la gauche et eteindre de gauche à droite (inverse du sens d'allumage...) (sinon laisser allumer))</p>
 

Revision as of 15:27, 7 August 2009

Contents

Protocols

Here you will find the collection of protocole we use, or just collect. And because we are well-known chauvinist it is just a tribute to previous Paris iGEM team . We try our best not to make it redondant.

A. iGEM paris 2009 protocols link

A.1. Our protocol

A.2. iGEM paris 2008 protocols link

Click here


content :

  • Electrophoresis
  • Concentration of the Miniprep or the Midiprep
  • Amplification of promoters.
  • PCR Screening
  • Protocol to make competent bacteria


A.3. iGEM paris 2007 protocols link

[http://parts.mit.edu/igem07/index.php/Paris/PROTOCOLS Click here]


content :

  • Growing_bacteria_in_liquid_medium
  • Preparing growth media
    • exemple: Making 10 petri dish (LB+erythromycin+citrate+DAP), Solid M9 Minimum Medium, preparation of agarosis gel
  • Chemical transformation
  • Glycerol Stock
  • Recombineering/Lambda red-mediated gene replacement
  • Miniprep
  • Fluorescent single cells visualisation
  • Digestion reactions

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